Visbiežāk izrakstītās antibiotikas zobu infekciju ārstēšanai parasti ir penicilīns un cefaleksīns; tomēr neviens no tiem nav piemērots tiem, kam ir alerģija pret penicilīnu. Cilvēkiem, kuri cieš no šādām alerģijām, parasti tiek nozīmēts klindamicīns. Tetraciklīns un doksiciklīns netiek uzskatīti par tik efektīviem kā klindamicīns, taču dažreiz tie tiek noteikti arī tiem, kam ir alerģija pret penicilīnu. Antibiotiku devas parasti tiek noteiktas atkarībā no infekcijas smaguma pakāpes un pacienta vispārējās veselības.
Penicilīns, iespējams, ir visplašāk izrakstītā antibiotika zobu infekcijām vai abscesiem. Daudzas zobu infekcijas ir bakteriālas, un penicilīns tiek uzskatīts par īpaši efektīvu to ārstēšanā. Zāles darbojas, lai iznīcinātu baktēriju šūnu sienu, apgrūtinot baktēriju izplatīšanos un augšanu. Dažas no penicilīna blakusparādībām ir caureja un slikta dūša, savukārt alerģija var izraisīt izsitumus, apgrūtinātu elpošanu un smagos gadījumos pat izraisīt nāvi.
Cefaleksīns ir zāles, kas ir daļa no antibiotiku grupas, ko dēvē par cefalosporīniem, un tās daudzējādā ziņā ir līdzīgas penicilīnam. Dažas no cefaleksīna blakusparādībām ir vemšana, caureja un galvassāpes. Turklāt cefaleksīns ir saistīts ar vaginītu un aknu bojājumiem.
Klindamicīns darbojas, apturot baktēriju augšanu. Parasti to uzskata par vienu no efektīvākajām antibiotikām zobu infekcijas gadījumā, un tā ir visizplatītākā zāļu izvēle tiem, kam ir alerģija pret penicilīnu. Klindamicīna blakusparādības ir ādas dzeltēšana, locītavu sāpes un urinēšanas biežuma un krāsas izmaiņas. Retos gadījumos tas var izraisīt nopietnu, dažreiz letālu caureju, ko sauc par Clostridium difficile saistītu caureju. Šīs zāles, iespējams, nevajadzētu lietot tiem, kas cieš no aknu slimībām vai grūtniecēm.
Smagas infekcijas vai abscesa gadījumos ārstēšana ar antibiotikām ne vienmēr ir efektīva. Dažos gadījumos zobārsti var arī mēģināt iztukšot abscesēto zonu, ko parasti veic, veicot nelielu iegriezumu inficētajā zonā, pēc tam izmantojot sūkšanu, lai noņemtu strutas. Daudzos gadījumos šī procedūra var paātrināt dzīšanas procesu un samazināt sāpes un pietūkumu.
Zobu infekcijas dažkārt var pāraugt dzīvībai bīstamos apstākļos. Ja infekcija netiek ārstēta, abscesēta zoba infekcija var izplatīties uz smadzenēm vai citiem dzīvībai svarīgiem orgāniem. Turklāt atkārtotas infekcijas dažkārt var izraisīt neatgriezeniskus sirds, aknu un citu orgānu bojājumus. Daži pētījumi liecina, ka atkārtoti zobu infekcijas gadījumi var arī nomākt imūnsistēmu.