Iespējamie sirds vārstuļa bioprotezēšanas riski var ietvert mehānisku hemolītisko anēmiju, mazspēju, endokardītu un atgrūšanu. Pastāv arī iespējamas recēšanas problēmas, lai gan tas ir biežāk sastopams ar mehāniskiem vārstiem, un to var atbilstoši novērst ar antikoagulantu terapiju, lai aizsargātu pacientu. Šos riskus var apsvērt, pirms pacientam tiek ieteikts bioprotētiskais vārsts, kurš, iespējams, vēlēsies apspriest pieejamās iespējas ar ārstu pirms lēmuma pieņemšanas par to, kā rīkoties ar sirds vārstuļa nomaiņu. Ir arī svarīgi apzināties, ka ir nepieciešama pastāvīga uzraudzība, lai uzraudzītu sirds veselību un pārliecinātos, ka ierīce darbojas.
Mehāniskās hemolītiskās anēmijas gadījumā asins turbulence, ko izraisa bioprostētiskais vārsts, izraisa sarkano asins šūnu iznīcināšanu. Tas var pārspēt organisma spēju ražot jaunas sarkanās asins šūnas, kas laika gaitā noved pie vispārēja to koncentrācijas samazināšanās. Pacientiem ar hemolītisko anēmiju var rasties tādi simptomi kā nogurums un ekstremitāšu zilums, jo viņu ķermenis nesaņem pietiekami daudz skābekļa. Asins analīzē var atklāt pazīmes, ka nav pietiekami daudz sarkano asins šūnu, un, ja pacientam ir nomainīts sirds vārstulis, to var uzskatīt par vainīgo.
Vārstu atteice rada īpašas bažas ar bioprotezēšanas vārstu, jo tie ir mazāk izturīgi nekā to mehāniskie kolēģi. Laika gaitā vārsta cūku, liellopu, zirgu vai cilvēku sastāvdaļas var sākt bojāties, padarot vārsta darbību mazāk efektīvu; pēc 10 līdz 15 gadiem pacientam var būt nepieciešams jauns. Daži ārsti izvairās no sirds vārstuļu bioprotezēšanas pacientiem, kas jaunāki par 65 gadiem, jo pacientam laika gaitā var būt nepieciešamas vairākas operācijas, lai nomainītu vienu vai vairākas bojātas ierīces, un tas var radīt nepieņemamu risku.
Endokardīts ir arī potenciāls risks, lai gan tas ir mazs, pateicoties tīrai ražošanai un ķirurģiskām metodēm, kā arī citām kontrolēm, kas paredzētas infekciju iespējamības ierobežošanai. Mehāniskie un bioprotētiskie vārsti parasti darbojas aptuveni vienādi, ja runa ir par endokardīta attīstības iespējām. Pacientiem, iespējams, būs jāveic daži preventīvi pasākumi, piemēram, antibiotiku lietošana pirms zobārstniecības procedūrām, lai pasargātu sevi no šīs potenciāli bīstamās infekcijas.
Visbeidzot, pastāv iespēja noraidīšanai, izmantojot bioprotezēšanas vārstu, kas ir mazāka problēma ar mehāniskām iespējām, jo tie ir izgatavoti no bioloģiski saderīga materiāla. Ķermenis var atpazīt donora materiālu kā draudu un sākt tam uzbrukt, izraisot vārsta atteici. Medikamentus var izmantot, lai ierobežotu atgrūšanas risku, vai arī ārsts var apsvērt iespēju ieteikt autotransplantātu, kur materiāls bioprotezēšanas vārstam tiek iegūts tieši no pacienta.