Ekoloģijas jomā funkcionālā ekoloģija īpaši aplūko funkcijas, ko dabas pasaulē pilda dažādas sugas. Pietiekami daudz starpdisciplināru pētījumu ir saistīts ar funkcionālo ekoloģiju, un cilvēki to apmeklē no tādām perspektīvām kā ekoloģija, ģenētika, evolūcijas bioloģija, bioloģija, meteoroloģija un pat tādās jomās kā pilsētplānošana. Pētnieki šajā jomā aplūko dabu kā savstarpēji saistītu sistēmu un pēta katras tās daļas lomu.
Jau sen ir zināms, ka ekosistēmas ir sarežģītas sistēmas, kas līdzsvaro laikapstākļu aktivitātes un tajās mītošos organismus, un ekologi jau sen ir skatījuši vidi holistiski. Funkcionālie ekologi cieši sazinās ar konkrētiem organismiem, lai uzzinātu vairāk par to, ko viņi dara, kā viņi to dara, kāpēc viņi varētu būt attīstījušies, lai parādītu šādu uzvedību, un kā tos ietekmē apkārtējie organismi. Tas var ietvert darbu uz lauka, organismu novērošanu dabā, kā arī laboratorijā, tādu lietu izpēti kā uzvedība kontrolētos apstākļos un izmaiņas, kas notiek ģenētiskā līmenī.
Vienkāršā funkcionālās ekoloģijas piemērā pētnieki varētu izpētīt koku lomu tādā vidē kā lietus mežs. Kokiem ir aktīva funkcionāla loma mežā, nodrošinot dzīvotni, veidojot mikroklimatu, bagātinot augsni un dažkārt pat audzējot labvēlīgos organismus. Lai gan cilvēki kokus parasti neuzskata par lauksaimniekiem, koki faktiski var saimniekot, ietekmējot to, kas aug vai neaug zem to lapotnēm, un tie aktīvi veicinās augu un citu labvēlīgu organismu attīstību.
Viens svarīgs funkcionālās ekoloģijas aspekts ir ilgtspējības pētījumi. Cilvēki nevar zināt, vai konkrētā darbība ir ilgtspējīga, kamēr viņi pilnībā neizprot, kā šī darbība ietekmē dabisko vidi. Tāpēc ir svarīgi aplūkot, kā cilvēka darbības ietekmē organismus dabā un vai tas rada viļņošanās efektu. Piemēram, plēsoņa iznīcināšana var radīt nelīdzsvarotību, kas destabilizē ekosistēmu, un tādā gadījumā plēsēju iznīcināšanu var uzskatīt par neilgtspējīgu. Un otrādi, kaut kā pievienošana ekosistēmai varētu būt tikpat kaitīga.
Cilvēki, kuri interesējas par funkcionālo ekoloģiju, var studēt vairākās koledžās un universitātēs visā pasaulē, un Lielbritānijā tiek izdots vadošais zinātniskais žurnāls šajā jomā. Funkcionāliem ekologiem ir daudz darba iespēju, tostarp gan laboratorijas, gan lauka darbi izglītības iestādēs, valsts aģentūrās un privātos uzņēmumos, piemēram, dabas aizsardzības organizācijās. Cilvēki, kas strādā šajā jomā, parasti interesējas par vidi un sarežģītām savstarpēji saistītām sistēmām, kas veido apkārtējo pasauli.