Lai gan daudzi lidojumu numuri var šķist nejauši, aiz neprāta noteikti ir kāda metode. Atsevišķas aviokompānijas savus numurus veido pašas, balstoties uz iekšējo metodoloģiju, taču tām ir jāsaskaņo savi centieni ar citām aviokompānijām, lai izvairītos no neskaidrībām lidojumu vadības torņos. Piemēram, United Airlines un American Airlines nevar vienlaikus ielidot divas lidmašīnas ar līdzīgiem reisu numuriem. Aviokompānijas pārvalda Starptautiskā gaisa transporta asociācija (IATA), un IATA bieži vien ir jāapstiprina šie apzīmējumi, pirms tos var ieviest aviosabiedrība.
Daudzi lidojumu numuri tiek piešķirti atbilstoši paša lidojuma vispārējam virzienam. Lidmašīnām, kas virzās uz austrumiem vai ziemeļiem, parasti tiek piešķirti pāra skaitļi, savukārt lidmašīnām, kas virzās uz rietumiem vai dienvidiem, tiek piešķirti nepāra skaitļi. Atgriešanās lidojumi bieži tiek piešķirti tiem, kas ir par vienu numuru augstāki nekā izlidošanas lidojums, lai pasažieri varētu viegli atcerēties, ar kuru atgriešanās lidojumu doties. Piemēram, izdomātā TJG Online Airlines reiss no Ņujorkas uz Lasvegasu var izlidot pusdienlaikā. Tā kā tas ceļo uz rietumiem, to var apzīmēt kā reisu 711. TJG Online Airlines reiss no Lasvegasas atpakaļ uz Ņujorku, visticamāk, tiktu saukts par reisu 712. Abi reisa numuri būtu jāapstiprina IATA, ja tas notiktu esošs United Airlines reiss 712, kas arī ielido Ņujorkā aptuveni tajā laikā.
Aviokompānijas arī piešķir lidojumu numurus saskaņā ar saskaņotu parametru kopumu. Viena lielākā aviokompānija var piekrist ierobežot savu iespējamo izvēli līdz 1-499. Citai aviokompānijai, iespējams, mazākam pārvadātājam, kas strādā ar lielāko aviokompāniju, varētu būt 500-749. Citas lielas aviokompānijas skaitļi var būt no 750 līdz 1000 utt. Izmantojot praksi, ko sauc par kodu koplietošanu, mazākas reģionālās aviosabiedrības, kas strādā kopā ar lielākajām aviokompānijām, koordinē savus numurus, lai izvairītos no neskaidrībām un noteiktu lidojumu kā kopīgu darbu. Dažas aviosabiedrības norāda arī lidojumu numurus atbilstoši lidmašīnas galamērķim vai pasažieru veidam, ko tā pārvadās. Piemēram, iekšzemes lidojumiem var būt divi cipari, savukārt starptautiskajiem lidojumiem var būt trīs cipari. Šī prakse dažādās aviokompānijās atšķiras, taču parasti tā ir konsekventa. Čārterlidojumiem var būt īpaši numuri, kas ļauj aviokompānijas darbiniekiem tos atpazīt.
Tomēr lidojumu numuru piešķiršana nav viss bizness. Aviokompānijām ir atļauts saprāta robežās norādīt lidmašīnas ar ievērojamu vai dīvainu skaitu. Lidojums uz Sanfrancisko, piemēram, var saņemt 49. vai 1849. gadu kā godu slavenajam 1849. gada zelta drudzim. Aviokompānija, kas sniedz pakalpojumus Filadelfijai, var izvēlēties 1776. vai 76. gadu, atspoguļojot šīs pilsētas vēsturisko lomu lidojuma veidošanā. Savienotās Valstis. Dažos lidojumos uz kazino pilsētām, piemēram, Lasvegasu vai Reno, Nevada, var būt cipari ar 7 un 11 veiksmei. Kamēr aviokompānija nepārkāpj IATA noteikumus par lidojumu numuriem, tā var izvēlēties numurus savu iemeslu dēļ. Šos skaitļus var arī mainīt, ja tie kļūst pretrunīgi, piemēram, American Airlines 11. reisa gadījumā, kas ietriecās Pasaules tirdzniecības centrā 11. gada 2001. septembrī. Kad tika atjaunotas komerciālo lidojumu privilēģijas, aviokompānija mainīja lidojumu 11 uz Flight 25.