Automatizēto tirdzniecības programmatūru var klasificēt pēc tirgus, kurā tā tirgojas, vai pēc lietotāja veida. Vispārējie tirgus veidi ir akcijas, preces un valūta. Lietotāji ir vai nu atsevišķi tirgotāji, vai lieli tirdzniecības fondi. Atsevišķi tirgotāji bieži izmanto mazumtirdzniecības programmatūru, un fondi izstrādā paši.
Fondi tirgo akciju, valūtas un preču fjūčerus, izmantojot algoritmus, ko tie ir izstrādājuši un iekļāvuši automatizētajā tirdzniecības programmatūrā. Precīza šo algoritmu mehānika tiek rūpīgi apsargāta. Akciju tirdzniecības fondi bieži izmanto tā sauktos impulsa algoritmus, ko bieži apvieno ar pāru tirdzniecību. Momentum algoritmi izmanto īstermiņa liela apjoma cenu izmaiņas. Pāru tirdzniecība nozīmē izvēlēties divas akcijas vienā un tajā pašā sektorā, pēc tam nopirkt spēcīgāko un saīsināt vājāko.
Valūtas tirdzniecības fondi ir piemēroti izmantot algoritmus, kuru pamatā ir cenu un svārstīguma pieauguma noteikšana vienā virzienā. Valūtu tirgus cenu sadalījuma īpatnības ļauj šai pieejai būt veiksmīgai, turpretim akciju tirdzniecībā tā ir margināla. Momentum tirdzniecība tiek izmantota dažās automatizētās tirdzniecības programmatūrā, ko fondi izmanto graudu fjūčeru tirdzniecībai. Vismaz viens fonds izmanto mainīgās dinamikas fiziku, lai tirgotu biržas fjūčerus.
Turpretim mazumtirdzniecības programmatūra mēdz piedāvāt glītu izskatu datora ekrānā, apvienojumā ar iespēju veikt vairākus pasūtījumus vienlaikus, nospiežot ekrāna pogu, un apgalvot, ka šī ir “automatizēta” tirdzniecības programmatūra. Tirgotājam joprojām ir jāuzrauga tirgus, jāizlemj, kuras akcijas, fjūčeri vai valūtas ietilpst viņa grozā ar pogu, un pēc tam jāizlemj, kad iesaistīties tirdzniecībā. Dažas mazumtirdzniecības programmatūras piedāvā kodēšanas saskarni, ko tirgotājs var izmantot, lai rakstītu un pārbaudītu savus algoritmus.
Cita mazumtirdzniecības automatizētās tirdzniecības programmatūras dažādība tiek saukta par melnās kastes tirdzniecību. Programmatūras izmantotie algoritmi pircējam netiek izpausti, un bieži vien viņam netiek nodrošināta piemērota iespēja pārbaudīt, vai programmatūra patiešām ir rentabla. Pircēji tiek lūgti ar ticību pieņemt, ka programmatūra ir bijusi rentabla pagātnē un būs rentabla arī turpmāk. Melnās kastes tirdzniecības sistēmas tiek piedāvātas akciju, preču fjūčeru un valūtas tirdzniecībai.
Fondi, kas izmanto automatizētu tirdzniecības programmatūru, to plaši pārbauda. Viņi izmanto gan bootstrap, gan Monte Carlo testēšanu, lai noskaidrotu, vai sistēma laboratorijā ir rentabla. Kad viņi atrod algoritmus, kas gūst panākumus viņu testēšanas režīmā, viņi to pārbauda reāllaikā. Fonda ģenerētā programmatūra kontrolē visus tirdzniecības aspektus: tā nosaka, cik daudz tirgot, ko tirgot un kad tirgot, un tā ievieto rīkojumus tieši biržā. Individuālam tirgotājam ir jāatdarinās fondu pārbaudes stratēģijai, lai viņam būtu pamatotas izredzes tirgoties ar peļņu.