Portobello sēņu tīrīšanai ir jāveic vairākas darbības, no kurām ne visas ir nepieciešamas vai dažreiz vēlamas. Kātiem ir ļoti koka tekstūra, un, ja tos nogriež, tos var smalki sagriezt un apcept vai sasaldēt, lai vēlāk izmantotu dārzeņu buljonā. Žaunas ne vienmēr ir jānoņem, bet tās var viegli nokasīt ar karoti. Sēņu cepurītes augšdaļa, kas parasti ir brūngana, var rūpīgi noņemt, lai portobello izskatītos bāls un tīrs, kad tas tiek pasniegts. Neviena no tīrīšanas metodēm īsti nav nepieciešama, izņemot žaunu izņemšanu, ja sēne ir kļuvusi pārāk veca un žaunas ieguvušas nepatīkamu smaku.
Viena no jomām, kas rada neskaidrības par portobello sēņu tīrīšanu, ir par to, vai tās mazgāt ūdenī. Lai gan sēnes absorbēs nelielu ūdens daudzumu, tas nav pietiekami nozīmīgs daudzums, lai ietekmētu garšu, ja vien sēne netiek sagriezta vai ilgstoši mērcēta. Galvenais iemesls, lai izvairītos no sēņu iegremdēšanas ūdenī, ir tas, ka sēņu virsma tiks bojāta, sabojājot izskatu, ja tās neizmantos ļoti drīz pēc mazgāšanas. Tīrot portobello sēnes, kuras netiks izmantotas tikai dažas stundas vai dienas pēc tam, vislabāk ir izmantot mitru drānu, lai notīrītu visus netīrumus uz virsmas.
Žaunas zem portobello sēnes cepurītes bieži tiek noņemtas, jo tās liek ēdienam iegūt tumšu krāsu, lai gan žaunas ir lieliski ēdamas un ēdienam var pievienot zemes piegaršu. Tos viegli noņemt, turot sēni otrādi un nokasot ar karotes galu. Ja žaunas ir atvērušās un tām ir nepatīkama smaka, tad tās noteikti jāizņem. Tīrot portobello sēnes no žaunām, jābūt uzmanīgiem, jo, nonākot saskarē ar griešanas dēļiem vai citiem ēdieniem, tie joprojām var kļūt tumši, lai gan, ja noķertas pietiekami drīz, tos parasti var nomazgāt.
Var noņemt arī virsmu no sēnes cepurītes augšdaļas. Plāno ādu var noraut sloksnēs, parasti satverot nelielu gabalu aiz vāciņa ārējās malas un pavelkot uz augšu. Var darboties arī sēņu tīrīšanas birste vai dārzeņu birste. Galvenais iemesls mizas noņemšanai, tīrot portobello sēnes, ir izveidot viendabīgu noformējumu, ja tās izmanto salātos vai baltajā mērcē.