Lai gan siera kūkas virskārtas parasti sastāv no svaigiem augļiem, citas populāras izvēles ir dažāda veida konfekšu gabaliņi. Tie, kas dod priekšroku sasmalcinātiem riekstiem, siera kūkas pildījumam var izmantot pekanriekstus, valriekstus, Indijas riekstus vai zemesriekstus. Speciāla siera kūka dažkārt tiks pagatavota ar dekoratīvu siera kūkas virskārtu, piemēram, karameļu, kas tiek ievirpināta greznā formā. Daži maiznieki siera kūkas glazūrai izvēlas izmantot svaigu putukrējumu un cukuru. Šokolādes siera kūku var pārliet ar rīvētu šokolādi, šokolādes mērci vai saldas garšas liķieri.
Gatavojot siera kūkas desertu, daži izvēlas to papildināt ar šokolādē iegremdētām zemenēm, veselām vai sagrieztām. Tie, kas dod priekšroku citiem augļiem, var izmantot mellenes, ķiršus, avenes un ananāsus. Augļi var būt svaigi vai saldēti, turklāt siera kūkas pildījumam var izmantot mērci ar augļu garšu vai pīrāgu pildījumu. Dažas gardēžu siera kūkas ietver piedevas, kas pagatavotas no eksotiskiem augļiem, piemēram, kivi, mango vai papaijas. Siera kūkas pildījumus var pagatavot arī ar karamelizētiem persikiem, banāniem vai āboliem.
Vienkāršas siera kūkas pildījumu receptes var pagatavot arī, izmantojot burciņās pildītu karameļu saldējuma pildījumu. Karameļu mērci var sajaukt ar kanēli, ābolu mērci un sasmalcinātiem riekstiem ābolu kanēļa piedevai. Šo mērci parasti pārlej atdzesētai siera kūkai.
Šokolādes cienītāji var dot priekšroku šokolādes skaidiņām vai pussaldiem kumosiem kā siera kūkas virskārtu. Daudzos izsmalcinātos restorānos un gardēžu ceptuvēs bieži tiek piedāvātas siera kūkas ar šokolādes skaidām. Turklāt siera kūku var dekorēt ar cietās šokolādes konfektēm, piemēram, populāro M&Ms šķirni. Saldām variācijām siera kūkai var pārliet kausētu šokolādi vai šokolādes mērci. Tie, kas dod priekšroku alternatīvai piena vai tumšajai šokolādei, var izmantot balto šokolādi siera kūkas piedevām.
Dažās gardēžu maiznīcās nav neparasti atrast siera kūku, kas papildināta ar šokolādes liķieri. Šīs īpašās siera kūkas ir izgatavotas ar virskārtu, kas sastāv no vaniļas ekstrakta, cepamās šokolādes un degvīna, kā arī citiem aromatizētājiem. Cepamo šokolādi var aizstāt ar kakao pulveri.
Svētku sezonā ķirbju siera kūku bieži pārlej ar putukrējumu. Putukrējums, iespējams, ir viens no visvienkāršākajiem un vienkāršākajiem siera kūku pildījumu veidiem, ko var izmantot jebkura veida siera kūkām. Dažādībai kanēli var sajaukt ar putukrējumu. Lai pievienotu papildu saldumu, daži izvēlas gatavot glazūru no putukrējuma un cukura. Šokolādes garšas putukrējums ir vēl viena iespēja siera kūkas pildīšanai.