Neatkarīgi no tā, vai tas ir pildījumā vai klāts virsū, augļu siera kūkai ir garšas, kas papildina siera kūkas krējuma siera pildījumu. Ķirši, laimi un persiki ir dažas augļu siera kūkas veidošanas iespējas. Augļu siera kūkas pagatavošanai tiek izmantoti arī eksotiskāki augļi, piemēram, mango, ananāsi un kokosrieksti. Siera kūkā var būt arī āboli, dzērvenes un zemenes.
Citronu garša ir labi piemērota siera kūkai, jo daudzos siera kūku pildījumos jau ir citrona sulas piegarša. Citronu siera kūkai ar ogu mērci ir mandeļu un datuma garoza, kas papildināta ar Indijas riekstu, medus un citronu sulas pildījumu. Ogu mērci gatavo no ogām, kas sajauktas ar datelēm vai medu un sablenderētas līdz viendabīgai masai. Citronu siera kūkā ir saldināts iebiezināts piens, Neufchatel siers un olas. Tas ir aromatizēts ar vaniļu, citronu sulu un citrona miziņu.
Ābolus var izmantot, lai izveidotu augļu siera kūku, piemēram, ābolu streusel siera kūku, kurā ir āboli, brūnais cukurs un kanēlis. Rudens ābolu siera kūkā ir Grehema krekera drupatas, smalki sagriezti pekanrieksti un cukurs. Sagrieztus ābolus, kas pārklāti ar cukuru un kanēli, kārto pāri krēmsiera un cukura pildījumam. Karameļu ābolu siera kūkā ir Grehema krekera drupatas, malta kanēļa un smalki sagrieztu pekanriekstu garoza. Krēmsiera pildījumu pirms pasniegšanas pārlej ar mizotiem āboliem un pārlej ar karameļu saldējuma pārklājumu, putukrējumu un sasmalcinātiem pekanriekstiem.
Svaigi un konservēti ķirši ir populāra augļu siera kūkas papildināšanas izvēle. Atsevišķas mini ķiršu siera kūkas tiek pagatavotas, kūciņu iesaiņojuma apakšā ieliekot vaniļas vafeles, pēc tam uzlejot virsū krējuma siera pildījumu. Tos pagatavo, atdzesē un pēc tam pārlej ar konservētu ķiršu pīrāga pildījumu.
No mango, ananāsiem un persikiem var pagatavot augļu siera kūkas. Mango siera kūka tiek pagatavota, krēmsiera pildījumam pievienojot mango biezeni. Persiku siera kūka tiek pagatavota, izmantojot persiku želatīnu un lielus, gatavus persikus. Ananāsu siera kūka ir pagatavota no beztauku krējuma siera, drupinātiem ananāsiem un bezcukura saputotu virskārtu. Pina colada siera kūka ir pagatavota no sasmalcinātiem ananāsiem, kokosriekstu krējuma un skābā krējuma, un tā ir aromatizēta ar vieglu rumu un kokosriekstu ekstraktu.
Augļu siera kūkas pagatavošanai izmanto arī augļus ar nelielu kumosu, piemēram, dzērvenes un laimus. Key laima siera kūka ar zemeņu sviesta mērci ar krēmsieru, olām un skābo krējumu. Tas ir aromatizēts ar laima mizu, zemenēm un laima sulu. Virpuļotai dzērveņu siera kūkai ir cepumu skaidiņas un sviesta garoza. Krēmsiera pildījums ir aromatizēts ar veselo ogu dzērveņu mērci, kanēli un krustnagliņām.