Galvenais muskuļu zuduma cēlonis parasti ir vispārējs vingrinājumu trūkums. Piemēram, cilvēki, kuru darbs visu dienu sēž pie datora, bieži piedzīvo muskuļu zudumu, ja vien viņi neietver papildu vingrinājumus. Traumas bieži noved pie muskuļu vājināšanās tā paša pamata iemesla dēļ. Citi galvenie zaudēto muskuļu cēloņi ir novecošana, nervu sistēmas slimības vai ievainojumi, kā arī slimības, kas tieši uzbrūk muskulatūrai. Dažus zaudējumus var pārvarēt, mainot dzīvesveidu vai ārstējot, bet citi parasti ir pastāvīgi.
Kad muskuļi netiek izmantoti, ķermenis pakāpeniski ļauj tiem samazināties. Personām, kuras neveic pietiekami daudz fiziskās aktivitātes, gadiem un gadiem ir tendence lēnām zaudēt muskuļus. Var paiet ilgs laiks, līdz šis process kļūst ievērojami smags, taču, lai saglabātu ievērojamu muskuļu daudzumu, piemēram, sportista muskuļu masu, ir nepieciešama diezgan pastāvīga apkope. Ja kāds cieš no šāda veida muskuļu samazināšanās, bieži vien var pietikt ar aktīvāku dzīvesveidu, lai situāciju mainītu.
Cilvēkiem novecojot, viņu ķermenis pārtrauc šūnu atjaunošanos tikpat ātri. Tas ir tas, kas izraisa daudzas ārējās novecošanas pazīmes, un tas ir arī atbildīgs par noteiktu muskuļu zudumu. Tā arī parasti ir taisnība, ka cilvēki mēdz daudz mazāk vingrot, kļūstot vecākiem, un tas palīdz pārspīlēt muskuļus, samazinot novecošanās ietekmi. Ja regulāri vingro, vecāki cilvēki var izvairīties no liela muskuļu zuduma.
Traumas mēdz izraisīt muskuļu samazināšanos dažu dažādu iemeslu dēļ. Dažreiz ievainojumi vienkārši liek cilvēku uz noteiktu laiku gulēt gultā, un tas var izraisīt muskuļu zudumu visā cilvēka ķermenī. Citos gadījumos traumas dēļ persona var vienkārši pārtraukt izmantot noteiktus muskuļus, un tas var izraisīt lokālāku muskuļu samazināšanos.
Nervu sistēmas traucējumi var izraisīt smagu muskuļu zudumu. Tas bieži notiek tāpēc, ka nervi vienkārši pārstāj sūtīt impulsus noteiktiem muskuļiem. Ja muskuļi nekustas, to izmērs pakāpeniski samazinās tā paša iemesla dēļ, kas cilvēkiem, kuri dzīvo mazkustīgi, mēdz zaudēt muskuļus.
Ir arī slimības, kas vienkārši izraisa muskuļu samazināšanos, tieši iznīcinot muskuļu audus. Izplatīts piemērs būtu dažādas muskuļu distrofijas formas. Šāda veida slimības parasti ir grūti ārstējamas, jo tās bieži ir balstītas uz ģenētisku noslieci.