Presbiteriāņu teoloģija izriet no protestantisma, un tās izcelsme ir Jāņa Kalvina mācībās. Galvenais presbiteriešu teoloģijas princips ir tāds, ka pestīšana nāk tikai no ticības, nevis ar attēlu un svēto godināšanu vai lūgšanu par mirušajiem. Daži no ievērojamākajiem presbiteriešu baznīcas vadītājiem bija Džons Nokss Skotijā un Ulrihs Cvingli un Heinrihs Bullingers Šveicē.
Termins “prezbiterietis” cēlies no presbyteros, kas ir grieķu vārds “vecākais”. Presbiteriešu baznīcas organizācija ir līdzīga protestantu baznīcu organizācijai, kuras pārņēma protestantu reformācijas idejas Šveicē. Priesteri, kurus demokrātiski ievēl vietējās kristiešu kopienas gan no vīriešiem, gan sievietēm, pārvalda prezbiteriešu baznīcu. Viņi ir arī Baznīcas padomju, presbiteriju, sinodu, Nacionālās padomes un Augstākās padomes locekļi.
Presbiteriāņu baznīcas teoloģija pieņem gan Apustuļu ticības apliecību, gan Nīkajas ticības apliecību. Šāda veida teoloģijas uzsvaru vidū ir dievišķā izredzēšana, Dieva suverenitāte, sakramentu nozīme un ideāls dievbijības un intelektuālās kultūras līdzsvars. Pat ja šī teoloģija ir atvasināta no Kalvina mācībām, tā nemāca, ka Dievs dažus cilvēkus ir iepriekš nolēmis pestīšanai, bet citus – nolādēšanai. Presbiterieši uzskata, ka, lai gan visi cilvēki ir pelnījuši sodu par savu grēcīgo dabu, Dievs nolēma pestīšanai izvēlēties skaitli un ļaut pārējiem iet savu ceļu.
Presbiteriešu teoloģijā tiek pieņemti tikai divi Jēzus iedibinātie sakramenti: kristības un Svētais Vakarēdiens. Presbiterieši uzskata, ka kristības ir Jēzus iedibināts sakraments, kurā cilvēkam, kas ienāk baznīcā, tiek dota jauna piedzimšana un grēku piedošana. Kristības tiek veiktas Tēva, Dēla un Svētā Gara vārdā, un tās var veikt tikai vienu reizi mūžā. Ūdens tiek izmantots kā kristību ārējais elements, bet iegremdēšana nav nepieciešama. Svētajā Vakarēdienā tiek pieminēts Jēzus upuris pie krusta, un ārējie elementi — maize un vīns — simbolizē attiecīgi Jēzus miesu un asinis.
Presbiteriešu teoloģijā Bībele ir līdzeklis, ar kuru kristieši mācās par Dieva klātbūtni visos cilvēka dzīves aspektos, sākot no laika sākuma līdz mūsdienām. Presbiterieši uzskata, ka Dieva mūžīgo labestību un pastāvīgo mīlestību pret viņa radību var saprast, studējot Bībeli. Gan Veco Derību, gan Jauno Derību izmanto presbiterieši.
Presbiteriešu koledžas pastāv visās valstīs, kur atrodas šī baznīca. Daudzi no viņiem piedāvā bērniem tradicionālo izglītību saskaņā ar presbiteriānisma morāles principiem. Cilvēkiem, kuri vēlas iegūt teoloģijas grādu, presbiteriešu koledžas piedāvā kursus, kas saistīti ar presbiteriešu teoloģiju, misijas darbu un pastorālo konsultāciju.