Ciprofloksacīns ir antibiotika un iznīcina tikai noteikta veida baktērijas. Seksuāli transmisīvās slimības (STS) var izraisīt dažādas infekcijas, no kurām baktērijas veido tikai daļu. No bakteriālām infekcijām, kuru ārstēšanai medicīnas speciālisti iepriekš ir lietojuši ciprofloksacīnu, dažas ir kļuvušas rezistentas pret šīm zālēm, tāpēc var būt nepieciešamas citas antibiotikas. Kopš 2011. gada tiek uzskatīts, ka šankroīds un galvenokārt tropiskā STS cirkšņa granuloma ir ārstējama ar šīm zālēm.
Ja STS izraisa vīruss, ciprofloksacīns nav efektīvs. Vīrusu izraisītās STS ir dzimumorgānu herpes, cilvēka imūndeficīta vīruss (HIV) un dzimumorgānu kondilomas. Vīrusi parasti nereaģē uz antibiotikām.
Katrai antibiotikai ir arī specifiski darbības veidi, un tāpēc tās nevar mērķēt uz visām baktēriju sugām. Piemēram, hlamīdijas izraisa baktērija Chlamydia trachomatis, pret kuru ciprofloksacīns nevar vērsties. Ciprofloksacīns ir neefektīvs arī pret lymphogranuloma vereneum, ko arī izraisa C. trachomatis.
Citas bakteriālas slimības, kuras nevar ārstēt ar ciprofloksacīnu, ir sifiliss, kurā slimību izraisa baktērija Treponema pallidum. Bakteriāla vaginoze ir vēl viens stāvoklis, ko var izraisīt vai nevar izraisīt STS. Šis stāvoklis arī parasti nereaģē uz ārstēšanu, kas ietver ciprofloksacīnu. Trichomoniāze arī neizzūd ar ciprofloksacīnu, bet šajā gadījumā tas ir tāpēc, ka izraisītājs ir vienšūņu parazīts, nevis baktērija.
Baktērijas laika gaitā var attīstīties un attīstīt rezistences mehānismus pret antibiotikām, un ciprofloksacīns nav izņēmums. Slimību kontroles centrs (CDC) Amerikas Savienotajās Valstīs 1998. gadā izdeva paziņojumu, norādot, ka ciprofloksacīns ir viens no efektīvajiem gonorejas ārstēšanas līdzekļiem, taču 2010. gadā gonoreju izraisošā baktērija bija tik izturīga pret šīm zālēm, ka CDC ieteica lietot citas zāles. tā vietā zāles, piemēram, ceftriaksons.
Saskaņā ar 2010. gada CDC ieteikumiem par STS ārstēšanas iespējām ciprofloksacīns ir piemērots tikai šankroīda un tādas slimības ārstēšanai, kas galvenokārt sastopama tropu valstīs, ko sauc par granulomu inguinale. Šīs slimības gadījumā izraisītāja baktērija ir Klebsiella granulomatis. Lai gan kopš 2011. gada ciprofloksacīns var ārstēt šīs slimības, dažkārt rodas problēmas.
Ar chancroid ir daži celmi, kas ir izturīgi pret zālēm. Šajos īpašajos gadījumos citas zāles, piemēram, azitromicīns, var veiksmīgi ārstēt infekciju. Granuloma inguinale arī mēdz atkārtoties, lai gan sākotnējā ārstēšana ar antibiotikām šķiet veiksmīga. Vēl viens ciprofloksacīna lietošanas trūkums STS ir tas, ka tas nav drošs grūtniecēm un sievietēm, kas baro bērnu ar krūti.