Visefektīvākais veids, kā atbrīvoties no kāju nagu sēnītes, ir atkarīgs no infekcijas smaguma pakāpes. Ja infekcija tiek uztverta pietiekami agri, to var novērst, vienkārši apgriežot kāju nagus un veicot profilaktiskus pasākumus, piemēram, regulāri valkājot svaigas zeķes un ļaujot kājām elpot. Tomēr, ja infekcija ir izplatījusies zem sasniedzamās zonas, pacientiem būs jālieto perorāli vai lokāli medikamenti, lai likvidētu sēnīti. Ārkārtējos gadījumos podologi ieteiks pilnībā noņemt nagu, lai atbrīvotos no kāju nagu sēnītes. Tomēr šī iespēja kļūst nepieciešama tikai tad, ja infekcija gandrīz noteikti radīs nopietnas komplikācijas.
Daudzos gadījumos sēnīšu infekcijas sākas nagu ārējās malās, ļaujot indivīdiem tos fiziski nokasīt ar kopšanas instrumentiem. Lai sasniegtu labākus rezultātus, malas var notīrīt ar dezinfekcijas līdzekli un nosusināt. Nagu sēnītes plaukst siltās, mitrās vietās, tāpēc, lai atbrīvotos no kāju nagu sēnītes, ir absolūti nepieciešams turēt kājas vēsas un sausas.
Ja infekcija izplatās zem nagiem un kļūst fiziski neaizsniedzama, pacientiem būs jālieto pretsēnīšu zāles, lai atbrīvotos no kāju nagu sēnītes. Podiatri bieži izraksta terbinafīnu vai itrakonazolu, kurus abus lieto iekšķīgi. Zāles ļauj augt tīrām, veselām nagu šūnām un galu galā nomainīt inficētos nagus divu līdz četru mēnešu laikā.
Gadījumos, kad pacienti nav medicīniski piemēroti perorālo medikamentu lietošanai, ārsti var izrakstīt pretsēnīšu krēmus, lai atbrīvotos no kāju nagu sēnītes. Šos krēmus bieži izraksta kopā ar urīnvielas losjoniem, kas palīdz nagiem vieglāk absorbēt zāles. Pacienti, kas rūpējas par savu nagu izskatu ārstēšanas laikā, var izvēlēties lietot īpaši ārstniecisku nagu laku, lai atbrīvotos no kāju nagu sēnītes. Daži eksperti iesaka mājas aizsardzības līdzekļus, piemēram, inficētajiem nagiem uzklāt ābolu sidra etiķi vai citronzāles eļļu.
Sēnīšu infekciju gadījumā, kas pakļauj pacientus nopietnāku slimību, piemēram, celulīta, riskam, var būt nepieciešama inficēto nagu ķirurģiska noņemšana. Kad nagi ir noņemti, vieta tiek dezinficēta, lai novērstu turpmāku sēnīšu augšanu. Tomēr tas parasti tiek izmantots kā pēdējais risinājums, jo var paiet pat gads, līdz jauni nagi pilnībā ataug.
Neatkarīgi no izmantotās ārstēšanas metodes ārsti iesaka izvairīties no situācijām, kas palielina inficēšanās iespējamību. Pēdām jābūt ērti sausām un prom no pārmērīga karstuma. Personām jāvalkā apavi, kas nodrošina pareizu pēdu ventilāciju, un zeķes drīkst lietot tikai vienu reizi pirms mazgāšanas. Pēdas jātur prom no iespējamiem sēnīšu avotiem, piemēram, publisko dušu grīdas un stāvoša ūdens.