Lai veiktu čeku apstrādi, parasti tiek veikti vairāki atsevišķi darījumi. Procesa pirmais solis tiek veikts, kad čeku ir pilnvarojusi norēķinu kontā norādītā persona vai vienība. Banka, kas pārvalda norēķinu kontu, parasti apstiprina čeka bankas maršrutēšanas numuru, norēķinu konta numuru un čeka summu, ko iesniegusi persona vai juridiska persona. Pēc čeka pārbaudes maksājumu apstrādes uzņēmums pārsūta līdzekļus uz tirgotāja uzņēmuma kontu. Lai gan dažiem tirgotājiem ir savas čeku apstrādes sistēmas, daži nolemj izmantot trešās puses sistēmu, lai atvieglotu darījumu no sākuma līdz beigām.
Parasti persona vai juridiska persona veic maksājumu vienā no trim veidiem, izmantojot čeku. Veicot darījumu klātienē, klients izmanto papīra čeku, ko veikala darbinieks apstrādā uz vietas. Dažās situācijās klienti izvēlas čeku maksājumus nosūtīt pa pastu, un darījuma process notiek tāpat kā tad, ja maksājums tiktu saņemts personīgi. Vēl viens veids, kā norēķināties par darījumu ar čeku, ir tiešsaistes darījums, kurā pirkuma summa tiek noformēta no konta, pamatojoties uz maršrutēšanu un čeku konta numuriem.
Process ir gandrīz vienāds neatkarīgi no tā, vai maksājums ar čeku notiek personīgi, pa pastu vai tiešsaistē. Bankas maršruta numurs, norēķinu konta numurs un pirkuma summa tiek izvadīta elektroniskā sistēmā. Maksājuma darījums parasti tiek ievietots klienta bankas izrakstā ar čeka numuru vai identifikācijas kodu, kas norāda, ka elektroniskā čeka maksājums ir apstrādāts.
Laiks, kas nepieciešams čeka apstrādei, var atšķirties atkarībā no mainīgajiem lielumiem, piemēram, tirgotāja, bankas iestādes un apstrādes darījuma sarežģītības. Čeku apstrādes darījums parasti tiek pabeigts klienta kontā vienas līdz trīs dienu laikā. Tomēr šis process starp tirgotāju un trešās puses sistēmu var aizņemt ilgāku laiku.
Čeku apstrādes procedūra parasti ir atkarīga no čeku apstrādes sistēmas sarežģītības. Dažreiz maksājuma summa tiek apstrādāta uzreiz. Citos gadījumos apstrādes uzņēmums var aizturēt līdzekļus līdz maksājuma darījuma pabeigšanai. Citām sistēmām, kas ne uzreiz apstrādā darījumu, ne arī aiztur līdzekļus, process var ilgt līdz trim dienām.
Banka var autorizēt vai atteikt maksājumu. Tas varētu būt atkarīgs no finanšu līgumiem starp banku un klientu. Ja klientam un bankai nav iepriekšējas vienošanās par maksājumu segšanu, naudas līdzekļu nepietiekamība var izraisīt debetu no tirgotāja. Parasti maksājumu apstrādes uzņēmums iekasē no tirgotāja maksu par atgriezto preci.
Dažiem klientiem var būt overdrafta aizsardzība, kas ļauj bankai apstiprināt maksājumu, lai gan kontā nav pietiekami daudz līdzekļu. Parasti līdzekļi tiek pārskaitīti no atsevišķa konta, lai segtu summu, kā arī papildu apstrādes maksas. Čeku apstrādes metode parasti nemainīsies no trešās puses sistēmas viedokļa.