Visizplatītākā un visefektīvākā separācijas trauksmes ārstēšana ir kognitīvā uzvedības psihoterapija. Citas ārstēšanas metodes, kas darbojas ar kognitīvās uzvedības terapiju, ietver ģimenes terapiju, desensibilizāciju, sarunu terapiju un medikamentus. Ir svarīgi atzīmēt, ka zāles drīkst lietot tikai ārkārtējas atdalīšanas trauksmes gadījumos un tikai kopā ar citām ārstēšanas metodēm. Pirms separācijas trauksmes ārstēšanas saņemšanas bērnam tiek diagnosticēta informācija, kas iegūta no mājām, skolas un klīniskiem apmeklējumiem.
Kognitīvā uzvedības psihoterapija māca svarīgas separācijas trauksmes ārstēšanas prasmes, piemēram, kā atpazīt nemierīgas sajūtas un izstrādāt plānu, kā ar tām tikt galā. Bērns uzzina, kā viņa fiziskās sajūtas ir saistītas ar viņa trauksmes sajūtu. Psihoterapeits izmanto spēļu terapiju, modelēšanu, relaksācijas terapiju un lomu spēles, lai iemācītu bērnam efektīvas separācijas trauksmes pārvarēšanas metodes.
Ģimenes terapiju bieži izmanto kā daļu no separācijas trauksmes ārstēšanas. Vecāku un brāļu un māsu iekļaušana terapijas sesijās māca ikvienam, kā labāk tikt galā ar skarto bērnu, un nonāk pie konkrētiem jautājumiem, kas var izraisīt vai pasliktināt bērna trauksmi. Terapijas sesijas, kurās piedalās visa ģimene, arī veicina komandas darba sajūtu grupā.
Desensibilizācija ir atdalīšanas trauksmes ārstēšana, kas ietver pakāpenisku atdalīšanas ieviešanu, mērot atdalīšanā pavadīto laiku un attālumu. Tas ļauj bērnam pakāpeniski justies apmierinātam ar atšķirtības sajūtu. Dziļa elpošana, bioatgriezeniskā saite un sevis nomierinošas metodes, piemēram, pozitīva pašrunāšana, arī labi apvienojas ar kognitīvās uzvedības psihoterapiju. Sarunu terapija sniedz bērnam iespēju runāt par problēmām, kas viņu nomoka ar kādu, kurš ir apmācīts klausīties un izpalīdzīgi reaģēt. Sarunu terapija neaizstāj intensīvāku kognitīvās uzvedības terapiju.
Bērniem, kuriem nepieciešama separācijas trauksmes ārstēšana, ir vairākas tipiskas bailes un bažas. Viņi baidās, ka šķiršanās kļūs pastāvīga, viņi baidās, ka kaut kas notiks ar tiem, kurus viņi mīl, vai viņi piedzīvo murgus par šķiršanos. Bērni ar atdalīšanas trauksmi var kļūt pieķērušies, atteikties doties uz skolu, viņiem ir grūtības aizmigt vai aizmigt, kā arī, reaģējot uz gaidāmo atdalīšanu, var rasties vēdera vai galvassāpes.
Vecāki var palīdzēt saviem bērniem, sūtot piezīmes pusdienu kastītēs, atalgojot bērna centienus raiti atšķirties, saglabājot mieru atdalīšanas periodā, veidojot un uzturot rutīnu, kā arī mudinot bērnam patīkamas sociālās aktivitātes. Vecāki var arī palīdzēt, nodrošinot, ka viņu trauksme tiek kontrolēta. Jutīgi bērni var absorbēt vecāku trauksmi, padarot viņu problēmu sliktāku.