Eksokrīnie un endokrīnie dziedzeri, lai gan dažos veidos ir līdzīgi, organismā kalpo dažādiem mērķiem. Eksokrīnie dziedzeri izdala gļotas vai olbaltumvielas uz ķermeņa ārpusi, bet endokrīnie dziedzeri izdala hormonus asinīs. Dažādas vielas, ko ražo eksokrīnie dziedzeri, bieži izmanto, lai ieeļļotu dažādas sistēmas, atbrīvotu ķermeni no kaitīgiem mikroorganismiem vai pielāgotu ķermeņa temperatūru. Savukārt endokrīnās sekrēcijas parasti tiek izmantotas organisma sarežģītajā komunikācijas sistēmā un var izraisīt dažādas izmaiņas ķermeņa ķīmijā. Lai gan gan eksokrīnie, gan endokrīnie dziedzeri tiek izmantoti dažādos ķermeņa procesos, tikai iekšējās sekrēcijas dziedzeri spēj sazināties ar attālām ķermeņa sistēmām.
Viena no galvenajām atšķirībām starp eksokrīnajiem un endokrīnajiem dziedzeriem ir to atrašanās vieta organismā. Lielākoties eksokrīnie dziedzeri atrodas netālu no ādas virsmas vai ķermeņa dobumos, kas ved uz ķermeņa ārpusi, piemēram, acīs, degunā, mutē vai dzimumorgānos. Gremošanas sistēmā atrodas arī eksokrīnie dziedzeri, kas atrodas visā tās garumā. No otras puses, endokrīnie dziedzeri bieži atrodas dziļi ķermenī. Virsnieru dziedzeris, kas atrodas virs nierēm, un hipofīze, kas atrodas smadzenēs, ir divi no labāk zināmajiem endokrīnās sistēmas dziedzeriem.
Vēl viena atšķirība starp eksokrīnajiem un endokrīnajiem dziedzeriem ir to mērķis. Daudzi eksokrīnie dziedzeri ražo gļotas, gļotainu vielu, kas sastāv no glikoproteīniem un ūdens, ko izmanto, lai ieeļļotu orgānus, piemēram, acis un barības vadu, kā arī uztvertu kaitīgās vielas, kas mēģina iekļūt organismā caur gļotādām. Daži no šiem dziedzeriem izdala olbaltumvielas, kas var palīdzēt gremošanu. Ārējās sekrēcijas dziedzeri, kas atrodas netālu no ādas virsmas, izdala sviedru – vielu, kas tiek izmantota ķermeņa atdzesēšanai, ja iekšējā temperatūra kļūst pārāk augsta.
Endokrīnie dziedzeri izdala hormonus, kas kontrolē daudzus procesus organismā. Hipofīze ir atbildīga par augšanu un dzimumbriedumu, kā arī par vairākiem citiem procesiem. Kad cilvēks tiek nostādīts bīstamā situācijā, virsnieru dziedzeru izdalījumi liek sirdij pukstēt straujāk un paaugstināt asinsspiedienu, gatavojoties cīņai vai bēgšanai no briesmām. Šie un citi endokrīnās sistēmas dziedzeri izdala hormonus cilvēka asinsritē, nosūtot ziņas, kuras var saņemt visā ķermenī.