Lai gan bieži tiek uzskatīts, ka homeopātija un naturopātija ir viena un tā pati lieta, praksē un mūsdienu medicīnā to pieņemšana ir ļoti atšķirīga. Homeopātijā slimību ārstēšanai tiek izmantotas ļoti atšķaidītas vielas, savukārt naturopātijā ārstēšanā izmanto dzīvesveida izmaiņas un ārstniecības augu preparātus. Gan homeopātija, gan naturopātija koncentrējas uz pacienta fizisko un emocionālo labsajūtu, taču medicīnas aprindās homeopātija ir maz vai nav pieņemama. Turpretī daži mūsdienu ārsti izmanto naturopātiju un modernu medicīnisko ārstēšanu, lai dziedinātu savus pacientus.
Homeopātiju, kas grieķu valodā nozīmē “kā ciešanas”, 1700. gadu beigās nodibināja Semjuels Hānemans, kad viņš izstrādāja līdzību likumu teoriju. Viņš uzskatīja, ka, lietojot vielu, kas izraisa slimības simptomus veselam cilvēkam, un tās atšķaidīšana palīdzēs cilvēkiem, kas cieš no šīs slimības, sevi izārstēt. No otras puses, naturopātiju, kas grieķu valodā aptuveni nozīmē “dabas slimība”, 19. gadsimtā populāru padarīja Benedikts Lusts. Šīs prakses pamatā ir dabisku vielu izmantošana un dzīvesveida izmaiņas, lai atbalstītu ķermeni paša dziedināšanā, tādējādi vairāk koncentrējoties uz vispārējo veselību, nevis uz vienu slimību vai kaiti.
Lielākā daļa medicīnas aprindu uzskata par nepamatotu, homeopātija parasti izmanto vielu un atšķaida to, līdz no sākotnējās vielas paliek maz vai nemaz. Tas tiek darīts, ievietojot sastāvdaļu bāzes šķidrumā, sakratot, izkāšot, vēlreiz kratot un tā tālāk, līdz saglabājas vēlamais materiāla līmenis. Tas ir balstīts uz Hānemana teoriju par ūdens atmiņu, kas apgalvo, ka bāze saglabās kaitīgās vielas būtību, nepaliekot kādai vielai, padarot zāles nekaitīgas. Šai teorijai nav reāla zinātniska pamata; atšķaidījuma daudzuma dēļ zinātniekiem ir grūti atjaunot vai pētīt homeopātiskos līdzekļus. Atšķaidīšanas process arī ļoti apgrūtina jebkādu homeopātisko līdzekļu konsekvenci.
No otras puses, naturopātija galvenokārt koncentrējas uz dzīvesveida izmaiņām, piemēram, veselīgu dabisko uzturu, vingrinājumiem, piemēram, jogu, un tādiem dabas aizsardzības līdzekļiem kā ārstniecības augi, akupunktūra vai meditācija. Labs piemērs tam varētu būt medus citronu tējas dzeršana un fizioloģiskā šķīduma lietošana saaukstēšanās gadījumā, nevis bezrecepšu medikamentu lietošana pret saaukstēšanos. Šī koncentrēšanās uz vispārējo veselību, nevis nepamatotām homeopātijas teorijām, ir tas, kas daudziem mūsdienu ārstiem ir licis savā praksē izmantot dažus dabiskus līdzekļus. Runājot par homeopātiju un naturopātiju, pēdējā parasti ir vienīgā, kuras mērķis ir strādāt ar mūsdienu medicīnu, nevis pret to.
Lai gan homeopātija un naturopātija ir līdzīgas ar to, ka tās ārstē cilvēku emocionālā un fiziskā līmenī, līdzības mēdz ar to beigties. Homeopātijas mērķis būtībā ir piespiest ķermenim pašam izārstēties, savukārt naturopātijas mērķis ir nodrošināt ķermenim spēku pašam sevi izārstēt. Atšķirībā no homeopātijas, naturopātiskās zāles Amerikas Savienotajās Valstīs ir oficiāli atzītas par komplementāro un alternatīvo medicīnu (CAM).