Bioloģiskajā taksonomijā — saukta arī par zinātnisko klasifikāciju vai bioloģisko klasifikāciju — monofīlija nozīmē, ka grupa ietver tikai sugu un visus tās priekštečus, savukārt polifilija nozīmē, ka grupa var saturēt dažādu ģimeņu “greifera maisu”. Tās sauc attiecīgi par monofiliskām un polifiliskām grupām. Polifilētiskās grupas piemērs varētu būt “tārpi” vai “siltasiņu dzīvnieki”, savukārt monofilu grupa būtu “zīdītāji” vai “vēžveidīgie”.
Bioloģiskās taksonomijas vēsture ir bijusi mēģinājums likvidēt polifilētiskās grupas par labu monofiliskajām grupām. Kopš 1970. gadiem to ir daudz vieglāk padarījušas ģenētiskās metodes, ko sauc arī par filoģenētisko analīzi vai “molekulārajiem pētījumiem”, kas pēta līdzīgu DNS garumu, lai noskaidrotu, kā dzīvnieki ir saistīti viens ar otru. Daudzas grupas, kas izskatās virspusēji līdzīgas, praksē var izrādīties pilnīgi nesaistītas. Piemēram, Pygopodidae, bezkāju ķirzaku dzimta, šķiet līdzīgas čūskām, taču tās no tām atšķiras ar mirgojošiem plakstiņiem (čūskām tā trūkst), ārējās auss atverēm, plakanām, nedakšotām mēlēm un vestigālajām ekstremitātēm. Amatierim atšķirt atšķirību var būt grūti, bet profesionālam biologam tas var būt skaidrs.
Viens no standarta polifilētiskās grupas piemēriem ir siltasiņu dzīvnieki, kas ietver gan putnus, gan zīdītājus. Abām sugām ir kopīgs sencis, kas dzīvoja paleozoja laikā ļoti sen. Putni, lai arī tie bija siltasiņu, attīstījušies no aukstasiņu senčiem, dinozauriem, kuri gandrīz nav monofiliski ar zīdītājiem. Tādējādi putni un zīdītāji ir no pilnīgi atšķirīgām grupām, taču abi ietilpst vispārējā siltasiņu dzīvnieku kategorijā.
Taksonomistu mērķis ir noteikta bioloģiskā taksonomija, taču tā bieži ir pretrunā ar vispārpieņemto gudrību vai stingrības trūkumu. Piemēram, kad jautā: “Vai ir jūras kukaiņi?” daži varētu atbildēt: “Nu, protams, omāri ir līdzīgi kukaiņiem.” Lai gan nejaušam novērotājam šī atbilde varētu šķist pietiekama, ar to pietiek, lai karjeras taksonomiste praktiski izspļautu kafiju.
Kukaiņi pieder Insecta klasei, savukārt omāri pieder pie Crustacea apakšgrupas, kas ir pavisam cita grupa. Lai gan abi ir posmkāji un, iespējams, ir radniecīgi, grupas ir diezgan atšķirīgas, no kurām viena galvenokārt ir sauszemes, bet otra ūdens. Nejauši tos dēvēt par monofilisku grupu, tas ir ieradums, pret kuru taksonomisti cīnās, precīzāk runājot par attiecībām starp dzīvniekiem, kas palīdz mums tos labāk izprast.