Lai gan notiek dažas diskusijas par to, kāda veida ķīmiskā viela, ko ražo organisms, veido citokīnu, medicīnas bioķīmiķi ir vispārēji vienojušies par to funkciju. Citokīnu galvenā loma ietver regulēšanu un saziņu. Citokīnus bieži ražo organisms, reaģējot uz nelīdzsvarotības apstākļiem, tostarp slimībām un fiziskām traumām, un tas ir mēģinājums sakārtot citas ķermeņa daļas, lai palīdzētu atjaunot pareizu līdzsvaru.
Noteikti pastāv vienošanās, ka citokīni ir olbaltumvielas. Viena no citokīnu galvenajām funkcijām būtībā ir regulējoša, un šajā ziņā tiem ir cieša funkcionāla līdzība ar hormoniem. Tomēr pēdējos izdala specializēti diskrēti dziedzeri, savukārt citokīnus izdala vairāk vispārināti audi, kas izplatās visā ķermenī. Tie ietver imūnsistēmas šūnas, tā sauktās nervu sistēmas glia šūnas, kā arī iekšējās un ārējās sienas šūnas, kas veido un aizsargā orgānus. Lielākajai daļai hormonu ir arī sistēmas mēroga iedarbība, turpretim lielākajai daļai citokīnu ir tikai viens specifisks un mērķtiecīgs efekts.
Bioķīmiķi ir identificējuši un klasificējuši daudz dažādu savienojumu, no kuriem katrs ir unikāls noteiktu ķermeņa funkciju regulators. Regulējošā funkcija ir modulācija, atgriezeniskā saite un reakcija uz augšu vai uz leju, lai uzturētu pareizu veselīgu līdzsvaru. Viens no svarīgākajiem ir ķermeņa imūnsistēma, un divi no galvenajiem citokīniem ir interleikīni un interferoni. Infekcijas vai traumas gadījumā šie briesmu signāli pārpludinās asinsriti. Daži medicīnas pētnieki definē citokīnu lomu kā imūnmodulējošus līdzekļus.
Citokīnu galvenā loma ir arī ķīmiski sazināties ar citām attālām ķermeņa šūnām, signalizējot vai pamudinot tās veikt attiecīgās funkcijas un regulēt to funkcijas. Lielākā daļa citokīnu ir specifiski mērķim; to proteīns ir precīzi strukturēts tā, lai tas atbilstu šūnas sienas struktūrai, par kuru tā mēģina signalizēt. Pretējais ne vienmēr ir taisnība; dažādi citokīni var būt vērsti uz vienu un to pašu šūnu un izraisīt to pašu reakciju. Tiek uzskatīts, ka citokīniem ir arī nozīme dažu augļa attīstības posmu ierosināšanā.
Parasti, kad šie proteīni atrod sakritību un pieķeras savam mērķim, tas liek šūnai kaut kādā veidā mainīt savu normālo, stabilo darbību. Parasti norādījumi ir vienkārši paātrināt vai nomākt šūnu vielmaiņas ātrumu, bet citokīnu loma var būt arī norādījumi attālām šūnām veikt uzdevumus, kas pārsniedz to parastās robežas. Šķiet, ka daži vienkārši ierosina šūnu reakciju ķēdi vai kaskādi. Piemēram, mērķa šūnai var likt ražot citu citu citokīnu, sava veida šūnu komunikācijas zizli.
Viens no visvairāk pētītajiem citokīniem ir interleikīni, kas galvenokārt ir vērsti uz baltajām asins šūnām vai leikocītiem un ietekmē tos. Tos ražo labdabīgs, bet svarīgs balto asinsķermenīšu veids, ko sauc par T-helper šūnām, no kurām ir divi dažādi veidi, saukti par Th1 un Th2. Viena interleikīnu klase ir atbildīga par T-šūnu, balto asins šūnu, kas agresīvi cenšas iznīcināt invazīvos aģentus asinsritē, kā arī vietējās ķermeņa šūnas, kas ir kļuvušas patoloģiskas, piemēram, vīrusu infekcijas vai vēža dēļ, augšanu un proliferāciju. Cita interleikīnu klase piesaista vēl vienu īpaši spēcīgu balto asins šūnu veidu, ko sauc par Natural Killer jeb NK šūnām.