Hipofīze, ko tieši kontrolē hipotalāms, sastāv no dažādām zonām, kas izdala hormonus, kontrolējot dažādus ķermeņa procesus. Hipofīzes anatomijai, ko tehniski sauc par hipofīzi, ir trīs daivas kā daļa no pupiņu izmēra struktūras; priekšējā, vidējā un aizmugurējā daiva. Katrs ražo atsevišķu hormonu komplektu, vienlaikus veidojot citu dziedzera strukturālo komponentu. Priekšējo hipofīzi sauc par adenohipofīzi, savukārt aizmugurējo hipofīzi sauc par neirohpofīzi. Nervu šķiedru saišķis tiek izvadīts caur aizmugurējo daļu, kas iet aiz hipofīzes priekšējās daļas; nervu aksoni no hipotalāma, tad nonāk priekšējā daļā.
Lai gan tie ir sarežģīti saistīti hipofīzes anatomijā, priekšējie un aizmugurējie segmenti nāk no dažādiem embrija reģioniem. Tomēr tie ir sarežģīti savienoti ar nervu šūnu un asinsvadu tīklu. Hormoni no hipotalāma nonāk asinīs caur hipofīzes artēriju un dažādos kapilāros, kas noved pie hipotalāma-hipofīzes portāla vēnām. Tie sazarojas kapilāru tīklā hipofīzes priekšējā daļā, kur hipofīzes hormoni nonāk no abām sekcijām un vispārējā asinsritē. Asinsvadu struktūra arī ļauj hormoniem no hipotalāma iekļūt hipofīzes priekšējā daļā, bet nefiltrēties vispārējā asinsapgādē.
Hipofīzes galvenā funkcija ir atbrīvot hormonus organismā no smadzenēm. Tās priekšējā daiva ražo visvairāk hormonu hipofīzes anatomijā, tostarp augšanai, piena ražošanai un virsnieru dziedzeru un vairogdziedzera stimulēšanai. Tiek ražoti arī citi hormoni, kas tiek novirzīti uz olnīcām un sēkliniekiem. Hipofīzes starpposma daiva izdala vielu, kas stimulē melanocītus, kas kontrolē ādas pigmentāciju. Aizmugurējā daivā tiek ražots hormons, kas ļauj nierēm paaugstināt ūdens uzsūkšanās līmeni asinīs, kā arī hormons, kas kontrolē dzemdes kontrakcijas un piena ražošanu.
Ar mikroskopu redzams, ka hipofīzes anatomija sastāv no trīs šūnu veidiem. Acidofīli, bazofīli un hromofobi atšķiras pēc to ķīmiskā sastāva un katrā šūnā esošajiem hormoniem. Hipofīze atrodas smadzeņu pamatnē sella turcica, kas ir depresija galvaskausa pamatnē. Atšķirīgā pēc struktūras un sastāva hipofīzes anatomija ļauj dziedzerim nosūtīt nepieciešamos signālus uz katru otro endokrīnās sistēmas dziedzeru, lai kontrolētu daudzas funkcijas.