Vēdera cistas ārstēšanas veids parasti ir atkarīgs no tā, kāda veida cista tā ir. Augļa vēdera cistām parasti nav nepieciešama vispārēja ārstēšana un tās izzūd pašas no sevis. Olnīcu cistu ārstēšana var būt no biežas novērošanas līdz hormonālajai ārstēšanai līdz operācijai. Gan mezenteriskajām cistām, kas rodas vēderplēvē pie vēdera aizmugurējās sienas, gan omentālajām cistām, kas attīstās vēdera priekšējā sienā, parasti nepieciešama operācija, lai to izņemtu. Mezenterisko cistu gadījumā bieži ir nepieciešama arī papildu operācija zarnu vai zarnu rezekcijas veikšanai.
Augļa vēdera cistas ir daži no visizplatītākajiem veidiem, īpaši zīdaiņiem, kuri bija pakļauti augstam hormonu līmenim dzemdē. Kad bērns ir piedzimis, šīs labdabīgās cistas parasti izšķīst pašas un nav nepieciešama turpmāka ārstēšana. Retos gadījumos cista būs pietiekami liela, lai radītu draudus zīdainim, vai arī tā var vienkārši neizdzīt, un tad var būt nepieciešama operācija, lai to noņemtu.
Arī olnīcu cistas ir diezgan izplatītas, un to ārstēšana bieži vien būs atkarīga no to smaguma pakāpes. Pirmā rīcība parasti ir viņu novērošana, lai uzraudzītu jebkādu izaugsmi un dotu viņiem iespēju atrisināties pašiem. Tas var nenotikt, bet, kamēr cistas nerada problēmas, ārstēšana var nebūt nepieciešama.
Ja olnīcu cistas aug, var ievadīt perorālos kontracepcijas līdzekļus, lai apturētu to augšanu un samazinātu tās. Var būt nepieciešami arī pretsāpju līdzekļi, lai mazinātu to radīto diskomfortu. Lielākām cistām, kas izraisa stipras sāpes vai asiņošanu un nereaģē uz kontracepcijas tabletēm, var būt nepieciešama operācija. Atkarībā no situācijas to var izdarīt laparoskopiski vai ar lielāku iegriezumu vēdera sienā.
Mezenteriska vai omentāla vēdera cista var būt asimptomātiska, bet tām, kurām nepieciešama ārstēšana, parasti nepieciešama ķirurģiska izņemšana. Mezenteriskās cistas rodas vēderplēves daļā, kas pazīstama kā apzarnis, un tāpēc tās bieži atrodas tiešā zarnu un zarnu tuvumā. Daudzos gadījumos tas nozīmē, ka pēc cistas noņemšanas būs jāveic arī zarnu vai zarnu rezekcija. Omentālās cistas, kas parasti atrodas vēdera priekšējā sienā, parasti var noņemt bez papildu ietekmes uz blakus esošajiem orgāniem.