Viena no galvenajām glutēna nepanesības pazīmēm bērniem ir sāpes vēderā, kas bieži vien izraisa apetītes samazināšanos un vemšanu. Šādi simptomi bieži izraisa nespēju augt pareizā ātrumā. Turklāt fiziskais diskomforts var izraisīt noteiktas uzvedības problēmas, piemēram, aizkaitināmību, nogurumu un depresiju. Glutēna nepanesības simptomi bērniem parasti netiek novēroti, kamēr viņi nav pietiekami veci, lai sāktu ēst pārtiku ar šo proteīnu, piemēram, maizi, mīksto sieru, graudaugus, kūkas, konditorejas izstrādājumus, makaronus un apstrādātu gaļu, lai nosauktu dažus produktus.
Jutība pret lipekli, kas ir olbaltumviela, kas atrodama kviešos, miežos, rudzos un auzās, ne vienmēr tiek identificēta bērniem, jo vecāki var nepamanīt simptomus. Viens no primārajiem glutēna nepanesības rādītājiem bērniem ir diskomforts zarnu traktā. Samazināta ēstgriba ir vēl viena pazīme, kas, iespējams, ir saistīta ar vēdera krampjiem un sāpēm, kas apgrūtina pat domāt par ēšanu. Vemšana bieži notiek pat tad, kad bērns patiešām ēd. Caureja, gāzes un aizcietējums ir citas kuņģa problēmas, kas bieži rodas bērniem ar lipekļa nepanesamību. Faktiski grēmas, kairinātu zarnu sindroms, skābes reflukss un taisnās zarnas asiņošana var rasties bērniem, kuriem ir lipekļa nepanesamība, tāpēc viņiem ir saprātīgi izvairīties no pārtikas produktiem, kas izraisa problēmas.
Šis diskomforts vēderā bieži izraisa svara zudumu vai vismaz nespēju pareizi pieņemties svarā. Pietūkušais vēders kopā ar neparasti plānām kājām un rokām bieži var liecināt par lipekļa nepanesību bērniem. Tas ir tāpēc, ka viņi nevar pareizi absorbēt barības vielas un parasti jūtas slimi tik bieži, ka viņi neēd tik daudz vai tik bieži, kā vajadzētu. Arī bērniem ar lipekļa nepanesību pubertāte bieži tiek aizkavēta gadiem ilgi, jo viņi nevar ēst daudz tajos gados, kuros viņiem vajadzētu augt visvairāk.
Tik daudz fiziska diskomforta un nespēja augt bieži var izraisīt skarto bērnu uzvedības izmaiņas. Uzbudināmība, nogurums, garastāvokļa svārstības un depresija bieži rodas bērniem, kuri nespēj pienācīgi absorbēt barības vielas lipekļa nepanesības dēļ. Galvassāpes, anēmija un locītavu sāpes parasti nepadara garastāvokli labāku. Turklāt bērni ar šo problēmu parasti cieš no citām nelielām, taču sāpīgām medicīniskām problēmām, piemēram, čūlas mutē, ekzēma uz ādas un zobu problēmas. Šādi simptomi ir sagaidāmi un parasti veicina izmaiņas uzvedībā, līdz bērnam tiek diagnosticēta lipekļa nepanesamība un viņš beidzot izslēdz pārtikas produktus, kas izraisa šo problēmu.