Iespējamas vairākas dažādas intubācijas komplikācijas. Ja pacientiem nepieciešama steidzama palīdzība elpošanā, viņi parasti tiek intubēti, mutē ievietojot elpošanas caurulīti, kas pēc tam tiek nodota trahejā; šo cauruli bieži sauc par endotraheālo cauruli. Pēc intubācijas ventilators var sūknēt gaisu plaušās un ārā no tām. Intubācijas komplikācijas var rasties ievietošanas procesā, jo caurule var sabojāt elpošanas vai kuņģa-zarnu traktu. Pacientiem, kuri tiek intubēti, ir paaugstināts infekciju, piemēram, pneimonijas un sinusīta, risks, un ilgstoša elpošanas atbalsts ar endotraheālo caurulīti var izraisīt elpceļu bojājumus, padarot turpmāku elpošanu grūtāku.
Pati caurule dažkārt var kaitēt pacientam, kuram tiek veikta šī procedūra. Reti caurule var sabojāt balss saites, radot problēmas ar runāšanu pēc tam, kad pacients ir izņemts no ventilatora. Citreiz caurule var nonākt barības vadā, nevis trahejā, izraisot barības vada plīsumus. Tas var izraisīt asiņošanu kuņģa-zarnu traktā, kā arī var izraisīt rīšanas problēmas pēc elpošanas caurules noņemšanas.
Laika gaitā un ar intubēto pacientu nepareizu aprūpi var rasties plaušu infekcija, ko sauc par pneimoniju. Bieži vien šo stāvokli, kas ir viena no intubācijas komplikācijām, sauc par ar ventilatoru saistītu pneimoniju. Šāda veida infekcija attīstās tāpēc, ka intubētu pacientu plaušas ir mazāk aizsargātas salīdzinājumā ar cilvēkiem, kuri elpo normāli, jo gaiss tiek iesūknēts tieši plaušās. Daudzas reizes šīs infekcijas ir grūti ārstējamas, jo tās izraisa rezistentas baktērijas, kas atrodas slimnīcā.
Vēl viena no intubācijas infekciozajām komplikācijām ir sinusīts, stāvoklis, kam raksturīgs deguna blakusdobumu iekaisums un kairinājums. Šī blakusparādība rodas tāpēc, ka sinusa dobuma aizplūšana bieži tiek traucēta endotraheālās caurules klātbūtnes dēļ. Pacientiem var būt vai var nebūt šīs infekcijas simptomi. Tomēr tas ir klīniski svarīgi, jo sinusa dobumu infekcija var izraisīt drudzi. Lai identificētu sinusītu, tiek veikti attēlveidošanas pētījumi, piemēram, datortomogrāfija (CT).
Pacientiem, kuriem ilgāku laiku jāpaliek ventilatorā, var rasties citas intubācijas komplikācijas. Plastmasas caurules klātbūtne no mutes līdz plaušām var sabojāt skrimšļus, kas atbalsta elpceļus, samazinot tā strukturālo integritāti. Caurules klātbūtnes dēļ var sašaurināt dažādas elpceļu daļas, tostarp traheju. Tā rezultātā pacientiem var rasties sēkšana un elpas trūkums. Šī iemesla dēļ pacienti, kuriem ir nepieciešama palīdzība elpošanai ilgāk par nedēļu, bieži tiek mainīti no intubācijas caur muti uz intubāciju caur traheju.