Smadzeņu stumbram un smadzenītēm ir individuāla loma kognitīvajās funkcijās un motora kontrolē. Līdzīgi kā citām smadzeņu daļām un ķermenim kopumā, smadzeņu stumbram un smadzenītēm ir atsevišķi mērķi. Apvienojot to mērķus, kļūst skaidrs, cik lielā mērā smadzeņu stumbrs un smadzenītes ir atkarīgi viens no otra un otrādi, vispārējā smadzeņu darbībā. Darbība var sākties vienā apgabalā vai arī vienlaikus.
Smadzeņu stumbrs, kas atrodas galvas un smadzeņu aizmugurē, ir daļa muguras smadzeņu augšdaļā. Tās galvenais pienākums ir nodrošināt kakla un sejas sensoro un motorisko vadību. Smadzeņu stumbrā atrodas visi nervu savienojumi, kas iet no smadzenēm uz pārējo ķermeni. Tas kontrolē centrālo nervu sistēmu, sirds funkcijas un elpošanu. Turklāt smadzeņu stumbram ir arī izšķiroša loma miega un nomoda cikla uzturēšanā.
Turpretim smadzenītes atrodas smadzeņu apakšējā daļā, izstieptas zem abām puslodēm, un smadzeņu stumbra daļa atrodas priekšā. Smadzenītes arī regulē motora vadību, kas vienā veidā saista smadzeņu stumbru un smadzenītes. Kognitīvās funkcijas, piemēram, valodu, regulē smadzenītes. Tam ir nozīme arī dažās emociju atbildēs. Lai gan smadzeņu stumbrs primāri kontrolē kustības uzsākšanu. Smadzenītes palīdz kustībām, palīdzot regulēt laiku un koordināciju.
Smadzeņu stumbrs un smadzenītes var būt atbildīgi par dažādu funkciju regulēšanu, taču tie arī darbojas kopā. Ja smadzenītes tiek bojātas, ir maz ticams, ka varētu rasties paralīze, jo galveno motora vadību veic smadzeņu stumbrs. Tomēr smadzeņu stumbra bojājumi var izraisīt paralīzi, taču tas var izraisīt arī citu funkciju trūkumu. Dažos gadījumos smadzenītes var kompensēt nelielus ievainojumus vai smadzeņu stumbra bojājumus, bet tikai tad, ja netiek traucēta liela kontrole. Pats par sevi smadzenītēm nav spēju darboties tā, kā to dara smadzeņu stumbrs.
Kad smadzeņu stumbrs un smadzenītes darbojas normāli, tie ir atkarīgi viens no otra. Smadzeņu stumbram ir visietekmīgākā loma funkcijās, kuras veic abi orgāni. Smadzenītes darbojas kā strukturāls atbalsts, palīdzot veikt tādas pašas funkcijas kā smadzeņu stumbrs, bet ne gandrīz tādā pašā kapacitātē. Ja ir problēmas ar kādu no orgāniem, visticamāk, tiks ietekmēta motora kontrole.