Benzoilperoksīdu bieži izmanto, lai novērstu pinnes, taču daudziem pacientiem ārstēšanas laikā rodas dažas blakusparādības. Lielākā daļa no visbiežāk sastopamajām benzoilperoksīda blakusparādībām ir lokālas, skarot tikai sejas ādu. Piemēram, ir normāli novērot sausu ādu, kas jūtas maiga un izskatās sarkana pēc šāda veida pūtītes ārstēšanas. Nopietnākas blakusparādības ir pūslīšu un garozas veidošanās, kā arī pinnes, kas, šķiet, pasliktinās pēc benzoilperoksīda lietošanas. No otras puses, tie, kuriem ir alerģija pret šīm zālēm, var pamanīt vairāk nekā tikai lokālas blakusparādības, jo viņiem var būt pat grūti elpot.
Dažas benzoilperoksīda blakusparādības parādās tikai ārstēšanas sākumā un izzudīs, kad āda pierod pie medikamentiem. Piemēram, tiek uzskatīts, ka pēc šo zāļu lietošanas āda ir sausa un nedaudz kairināta. Šajā laikā tas var justies maigs un izskatīties sarkans. Diemžēl daži cilvēki arī pamana, ka viņu āda sāk lobīties, kad tā lēnām pierod pie medikamentiem, lai gan viņiem vajadzētu arī ievērot, ka viņu pinnes pakāpeniski izzūd. Šo vieglo benzoilperoksīda blakusparādību rašanās dēļ ārsts daudziem pacientiem iesaka lietot zāles tikai katru otro dienu, līdz viņu āda pie tā pierod.
Ir pacienti, kuri ievēro ekstrēmākas blakusparādības, kuras ir grūti ignorēt. Uz ādas var rasties pūšļi vai garoza, un tai var būt nemainīgs sarkans nokrāsa. Nav pārsteidzoši, ka sarkanu seju var pavadīt siltuma sajūta, kā arī durstoša sajūta. Par šīm benzoilperoksīda blakusparādībām parasti jāziņo ārstam, īpaši, ja šķiet, ka pinnes nav sākušas izzust. Patiesībā daži cilvēki pamana, ka viņu pūtītes kļūst vēl sliktākas, kas var norādīt, ka šīs viņiem nav labākās zāles.
Lai gan dažas benzoilperoksīda blakusparādības tiek uzskatītas par nelielām un pat sagaidāmām, citas ir alerģijas pazīmes, kas nozīmē, ka dažiem pacientiem nekavējoties jāpārtrauc zāļu lietošana. Piemēram, nātrene, sarkani izsitumi uz sejas vai pastāvīga niezes sajūta parasti netiek uzskatīta par normālu. Tas jo īpaši attiecas uz gadījumiem, kad šīs blakusparādības pavada spiedoša sajūta krūtīs, kas apgrūtina elpošanu, kā arī reibonis. Šādas benzoilperoksīda blakusparādības parasti norāda uz alerģiju un parasti prasa tūlītēju medicīnisko palīdzību.