Visizplatītākās bioķīmijas tēmas parasti iedala šādās kategorijās: dzīvo šūnu bioķīmija, vielmaiņa, dzīvnieku vai augu organismi, molekulārā bioķīmija un ģenētika. Katrā no šīm jomām bioķīmiķi koncentrējas uz dzīvajos organismos notiekošo ķīmisko vielu un bioķīmisko procesu izpēti. Atsevišķas dzīvas šūnas izpēte parasti ir viena no visizplatītākajām bioķīmijas tēmām.
Galvenais iemesls, kāpēc bioķīmijas pētījumi bieži koncentrējas uz atsevišķas šūnas ķīmiju, ir tas, ka ir daudz veidu ķīmisko procesu, kas ir kopīgi dzīvām šūnām daudzos dažādos organismos, gan dzīvniekiem, gan augiem. Šūnu bioloģiju sauc arī par citoloģiju, un šūnas bioķīmijas izpratne ir ļoti liela daļa no citām bioķīmijas tēmām. Izpratne par līdzībām un atšķirībām, kas pastāv starp dažādu veidu šūnām, parasti ir ļoti svarīga bioķīmiķiem, kuri pēta, piemēram, ģenētiku, vielmaiņu un dažādas dzīvnieku bioķīmijas jomas.
Daži bioķīmiķi dod priekšroku bioķīmijas tēmu iedalīšanai kategorijās atbilstoši iesaistītajai pamata ķīmijai. Šāda iedalīšana kategorijās varētu, piemēram, sākt ar galvenajām tēmām par tauku struktūru, olbaltumvielu struktūru un ogļhidrātu struktūru. Kad ir izprasta galveno bioķīmiskajos procesos iesaistīto molekulu pamatstruktūra, tad progresīvāks pētījums var izskaidrot funkcijas, kuras dažādās molekulas parasti pilda dzīvā šūnā.
Pēc tam funkcionālās bioķīmijas tēmas varētu turpināties no strukturālās bioķīmijas vai molekulārās bioloģijas tēmām. Tie varētu ietvert tādus priekšmetus kā saistīšanās vai dažādu molekulu savstarpēja mijiedarbība; transports, tas ir, kā molekulas pārvietojas dzīvās šūnās un no tām; kinētika vai ķīmiskās pārvērtības; un signalizācija vai kā dzīvās šūnas sazinās savā starpā. Bioķīmiķis, kurš mācās pa šo ceļu, visticamāk, iegūs labus pamatus bioķīmijas pamatiem, ko pēc tam var izmantot, lai bioķīmijas karjerā sazarotos dažādās specialitātēs.
Dažādās bioķīmijas laboratorijā pētītās tēmas var būt ļoti plašas. Izpratne par dzīves pamatelementiem, atsevišķām dzīvām šūnām, veido pamatu lielākajai daļai, ja ne visām bioķīmijas darba iespējām, un to var uzskatīt par galveno sākumpunktu bioķīmijas karjerai. Attiecībā uz bioķīmijas tēmām ir arī ievērojama pārklāšanās starp bioķīmiju, molekulāro bioloģiju un citām bioloģisko pētījumu jomām.