Ņemot vērā procedūras invazivitāti, lielākā daļa jostas punkcijas komplikāciju ir reti sastopamas. Visbiežāk sastopamā komplikācija ir galvassāpes, kas rodas aptuveni četriem no desmit pacientiem ar lumbālpunkciju un parasti izzūd vienas nedēļas laikā. Citas komplikācijas ir nopietnākas, taču tās rodas daudz retāk. Meningīts, nervu sakņu traumas un ilgstošas muguras sāpes ir viena no iespējamām, lai arī retām, jostas punkcijas komplikācijām.
Galvassāpes, kas rodas pēc jostas punkcijas, sauc par postdurālās punkcijas galvassāpēm. Tās cēloņi nav zināmi. Sievietēm tas notiek biežāk nekā vīriešiem un retāk gan jaunākiem, gan gados vecākiem pacientiem. Vairāki pētījumi liecina, ka jostas punkcijai izmantotās adatas izvēle ietekmē šāda veida jostas punkcijas komplikāciju biežumu. Šķiet, ka zīmuļa adatas, atšķirībā no slīpā punkta adatām, ievērojami samazina postdurālās punkcijas galvassāpes.
Pētījumi liecina, ka ne gultas režīms, ne ilgstoša nosliece uz stāvokli nenovērš postdurālās punkcijas galvassāpes. Iekšķīgi lietojamais kofeīns sniedz īslaicīgu atvieglojumu, taču tam ir īslaicīga iedarbība un tas nenovērš galvassāpes. Visefektīvākā ārstēšana ir epidurāls asins plāksteris. Plāksteris tiek uzklāts pēc punkcijas, un tas nodrošina atvieglojumu līdz 98 procentiem pacientu, kuriem ir postdurālas punkcijas galvassāpes.
Nopietnas jostas punkcijas komplikācijas ir mandeļu trūce, intrakraniāla asiņošana un infekcijas. Šāda veida komplikācijas ir reti. Dažas komplikācijas rodas biežāk pacientiem, kuru veselība vai stāvoklis ir apdraudēts. Pacienti ar nopietniem veselības traucējumiem ir vairāk pakļauti bīstamu komplikāciju attīstībai jostas punkciju rezultātā.
Cerebrospinālā šķidruma paraugus iegūst no jostas punkcijas. Šis šķidrums ieskauj smadzenes un muguras smadzenes. Šķidruma pārbaude var palīdzēt diagnosticēt tādas slimības kā meningīts, multiplā skleroze un smadzeņu asiņošana. Procedūra dažkārt tiek veikta, lai noteiktu cerebrospinālā spiediena izmaiņas. Spiediena atšķirība pirms šķidruma noņemšanas un pēc šķidruma noņemšanas var palīdzēt diagnosticēt smadzeņu audzēju vai infekciju.
Neirologi vai cits apmācīts medicīnas personāls veic jostas punkciju. Procedūra parasti notiek muguras lejasdaļā. Ārsti vispirms attīra, sterilizē un dažreiz anestē zonu ap punkcijas vietu. Viņi ievieto adatu starp skriemeļiem un pārvietojas telpā, kas piepildīta ar cerebrospinālo šķidrumu. Kad šķidrums ir izņemts, ārsti noņem adatu un pārklāj punkciju ar sterilu pārsēju.