Kateterizācijas komplikācijas ir atkarīgas no ķermeņa zonas, kurā ir ievietots katetrs, un no tā, vai katetrs atrodas īsu laiku vai ilgstoši. Biežāko kateterizācijas komplikāciju saraksts ietver infekciju, audu bojājumus, bloķēšanu, asinsvadu bojājumus, asins saindēšanos un alerģijas. Infekcija ir universāla iekšēji ievietoto katetru veidu komplikācija.
Urīnceļu katetri tiek ievietoti urīnizvadkanālā vai novietoti ārēji ap dzimumlocekli, lai iztukšotu urīnpūsli. Iekšēji ievietotiem katetriem visizplatītākās kateterizācijas komplikācijas ir urīnceļu infekcijas, bloķēšana un audu traumas. Bloķēšanu izraisa minerālsāļi, ko ražo mikroorganismi, mijiedarbojoties ar urīna nogulsnēm, un tas var radīt diskomfortu. Pastāvīgie katetri var izraisīt arī asins saindēšanos, nieru infekcijas un nieru bojājumus, lai gan šīs blakusparādības ir retākas. Latekss katetros, kas aptver dzimumlocekli, dažiem pacientiem var izraisīt alerģiskas reakcijas.
Katetri tiek ievietoti arī venozajā sistēmā, lai pārvadātu barojošus šķidrumus un medikamentus. Katetru var ievietot perifēro vēnu sistēmā, piemēram, rokā, lai pārnestu intravenozus šķidrumus vai medikamentus. Katetrs var būt arī centrālais vēnu katetrs, ko ievieto lielajā vēnā pie sirds vai sirdī. Biežākās centrālās venozās ievietošanas komplikācijas ir infekcija, asins recekļu veidošanās un caurules bloķēšana. Perifēro vēnu katetri cieš no tādām pašām problēmām kā centrālo vēnu katetri, taču tie biežāk izraisa flebītu, vēnu iekaisumu, nekā centrālie vēnu katetri.
Katetru var arī caur asinsvadiem iedurt sirdī. Šajā gadījumā ārsts, ievietojot cauruli, var izraisīt sāpes un asiņošanu. Lai gan sāpes var būt tikpat vieglas kā parasta diskomforta sajūta, tās var būt arī nejauša asinsvada bojājuma rezultāts — bojājumi, kas var būt tikpat plaši kā caurumi, kas iedurti asinsvadā, ārstam virzot katetru cauri sirdij. Pacientam var būt arī alerģija pret krāsvielu, ko izmanto sirds kateterizācijas procedūrā.
Bērnam var ievietot nabas katetru, ja viņam ir nepieciešami pastāvīgi barojoši šķidrumi, zāles vai ja ārstam regulāri jāņem asins paraugi. Infekcija ir viena no visbiežāk sastopamajām kateterizācijas komplikācijām šādās situācijās. Nabas katetrs var arī ierobežot asins plūsmu vienā no bērna ekstremitātēm vai orgāniem. Arī mēģenē var veidoties asins receklis, kas var būt letāls.