Kuņģa šuntēšanas operācija sniedz risinājumu daudziem cilvēkiem, kuri cīnās ar aptaukošanos, taču ir dažas nevēlamas sekas, kas parasti ir saistītas ar procedūru. Visbiežāk sastopamās kuņģa apvedceļa problēmas ir dempinga sindroms, kas rodas, kad kuņģis iztukšojas pārāk ātri, un dehidratācija, kas rodas, ja pacients nedzer pietiekami daudz ūdens. Gremošanas traucējumi var būt īpaša problēma arī kuņģa apvedceļa pacientiem. Turklāt dažiem pacientiem pēc kuņģa šuntēšanas operācijas ir īslaicīga matu izkrišana.
Viena no visbiežāk sastopamajām kuņģa apvedceļa problēmām tiek saukta par dempinga sindromu. Ja cilvēkam ir dempinga sindroms, viņa kuņģis ātri iztukšojas, un nesagremotais ēdiens nonāk tievajās zarnās. Vairumā gadījumu tas notiek kuņģa apvedceļa pacientam drīz pēc tam, kad viņš ir ēdis. Stāvokļa simptomi ir slikta dūša, krampji vēderā un sirdsklauves. Indivīdam var rasties arī vājums, pietvīkums vai reibonis dempinga sindroma rezultātā.
Dehidratācija ir arī viena no izplatītākajām kuņģa apvedceļa problēmām. Pēc kuņģa apvedceļa operācijas lielākajai daļai cilvēku ir jāizdzer daudz ūdens; ārsts var ieteikt pacientiem izdzert apmēram 2 litrus (67.62 unces) ūdens dienā pēc kuņģa apvedceļa operācijas. Ja indivīds to neizdara, viņš var kļūt dehidrēts, justies slikta dūša un vemt. Daudzos gadījumos slikta dūša un vemšana tikai pasliktina pacienta dehidratāciju. Dažreiz dehidratācija pēc kuņģa apvedceļa var kļūt tik nopietna, ka pacients ir jā hospitalizē un jāsaņem intravenozi šķidrumi.
Gremošanas traucējumi ir arī viena no visbiežāk sastopamajām kuņģa apvedceļa problēmām. Gremošanas traucējumi rodas, ja organisms nespēj pareizi sagremot pārtiku vai viņam ir grūtības to izdarīt. Tas izraisa tādus nepatīkamus simptomus kā dedzinoša sajūta vai vieglas līdz stipras sāpes vēdera augšdaļā. Turklāt daži cilvēki jūtas paēduši, vēl ēdot, jūtas pārāk paēduši pēc ēšanas, kļūst uzpūsti vai slikta dūša, ja viņiem ir gremošanas traucējumi.
Dažiem pacientiem var izkrist arī mati, ja viņiem ir veikta kuņģa šuntēšanas operācija. Tas var būt tikai neliels matu izkrišana vai ievērojams daudzums atkarībā no pacienta. Tas parasti notiek uztura trūkuma dēļ, kas attīstās pēc operācijas. Tas var rasties arī kā daļa no ķermeņa reakcijas uz strauju svara zudumu, ko pacients piedzīvo pēc kuņģa šuntēšanas operācijas. Daudzi pacienti uzskata, ka uztura bagātinātāju lietošana palīdz novērst šo nepatīkamo efektu, un lielākā daļa cilvēku redz šīs problēmas beigas dažus mēnešus pēc operācijas.