Lai gan laparoskopiskā ķirurģija rada mazāku audu bojājumu nekā atklātā ķirurģija, tāpat kā jebkura ķirurģiska iejaukšanās, pastāv komplikāciju risks. Lai gan daudzas no šīm komplikācijām ir nelielas un viegli ārstējamas, tās rodas 1–5 procentos no visām laparoskopiskajām operācijām, un laparoskopijas komplikāciju mirstības līmenis ir aptuveni 0.05 procenti. Dažas no visbiežāk sastopamajām komplikācijām rodas no nevēlamas reakcijas uz anestēziju, kas var ietvert elpošanas komplikācijas un sirds aritmiju. Citas izplatītas laparoskopijas komplikācijas ir infekcija, pneimonija, bronhīts, pārmērīga asiņošana un rētaudu veidošanās. Šīs komplikācijas var rasties pēc atklātas operācijas vai laparoskopiskas operācijas, bet pēc laparoskopijas tās ir retāk sastopamas.
Laparoskopiskā operācija var izraisīt zarnu, vēdera dobuma orgānu, vēnu un artēriju ievainojumus. Nepieredzējuši ķirurgi var netīšām perforēt zarnas vai citas kuņģa-zarnu trakta daļas ar gariem, smailiem ķirurģiskiem instrumentiem, ko viņi izmanto. Lai gan šie ievainojumi ir retāk sastopami, tie var izraisīt potenciāli bīstamu stāvokli, ko sauc par peritonītu, kas ir vēderplēves iekaisums. Dažos gadījumos ir nepieciešama turpmāka operācija, izmantojot lielāku griezumu, lai atjaunotu bojātos audus vai apturētu asiņošanu.
Pacienti var ciest arī nenovērotus elektriskus apdegumus, ko izraisa elektrodi, kas nodod strāvu apkārtējos audos. Šie apdegumi var izraisīt peritonītu. Aktīvā elektrodu uzraudzība novērš netīšu iekšējo elektrisko apdegumu risku.
Lielāks laparoskopijas komplikāciju risks ir pacientiem, kuriem ir asins koagulācijas traucējumi vai agrāku operāciju rezultātā izveidojušies rētaudi. Pacientiem, kuru ķermeņa masas indekss ir zemāks par vidējo, arī ir lielāks risks. Šo faktoru dēļ viņu ķirurgi var izvēlēties veikt atklātu operāciju.
Oglekļa dioksīda gāze, ko izmanto vēdera dobuma uzpūšanai operācijas laikā, var izraisīt arī laparoskopijas komplikācijas. Auksta, sausa gāze var izraisīt hipotermiju un peritoneālās traumas. Šis risks tiek samazināts, mitrinot un sasildot oglekļa dioksīda gāzi.
Pacienti, kuriem ir elpošanas traucējumi, var nepanest vēdera dobuma paplašināšanos, izmantojot oglekļa dioksīdu, tādēļ ir nepieciešama atklāta operācija. Vēl vienu komplikāciju izraisa oglekļa dioksīda gāze, kas paliek vēdera dobumā pēc operācijas. Gāzes kabata var pacelties vēderā un piespiesties diafragmai, izraisot sāpes, kad pacients elpo. Tas parasti ir īslaicīgs stāvoklis, kas tiek atvieglots, kad ķermeņa audi absorbē lieko gāzi.
Incīzijas zarnu trūce ir vēl viena potenciāli nopietna laparoskopijas komplikācija, kas rodas, nepareizi noslēdzot vietas, kas lielākas par 0.4 collām (10 mm), ko izmanto ķirurģisko instrumentu ievadīšanai operācijas laikā. Ir ļoti svarīgi, lai fasāde būtu pareizi aizvērta. Zarnu trūces simptomi ir periodiska slikta dūša un vemšana.
Infekcija ir vēl viena izplatīta laparoskopijas komplikācija. Infekcijas gadījumā parasti tiek ievadītas antibiotikas. Lai izvairītos no laparoskopijas komplikācijām, daži ķirurgi pirms operācijas izraksta antibiotikas, ja ir paaugstināts infekcijas risks pacienta nepietiekamas imūnās atbildes dēļ.