Visbiežāk sastopamās MRI blakusparādības ir saistītas ar ilgu gulēšanu nelielā telpā, un tās var ietvert reiboni, muguras sāpes un nogurumu. Nopietnākas blakusparādības var rasties kā reakcija uz jebkuru MRI izmantoto kontrastvielu. Ļoti retos gadījumos, ja ķermenī atrodas metāla gabals, MRI iekārta var piespiest objektu pārvietoties ķermenī, radot nopietnus bojājumus. Tā ir ļoti reta blakusparādība, jo tiek veikti stingri piesardzības pasākumi, lai aizsargātu pret šāda veida negadījumiem.
Parasti cilvēki saskaras ar MRI blakusparādībām, kuras, šķiet, izraisa magnētiskās rezonanses attēlveidošanas ietekme, bet patiesībā tās izraisa ilgstoša gulēšana mierīgi. Reibonis un muguras sāpes, par kuriem ziņo daži pacienti, gandrīz noteikti ir izraisījuši nekustīgu gulēšanu uz cietas virsmas stundu vai ilgāk. Nogurumu pēc MRI bieži izraisa stress, kas saistīts ar attēlu uzņemšanu, kas var būt nogurdinošāks nekā procedūras laikā. MRI blakusparādības, piemēram, galvassāpes, bieži ir saistītas ar skaļajiem trokšņiem, ko dzird MRI laikā, un tās ir biežākas cilvēkiem, kuriem ir arī migrēna.
Dažiem cilvēkiem, lietojot kontrastvielu, rodas vieglas MRI blakusparādības, kas parasti atgādina alerģisku reakciju. Ļoti nopietnas MRI blakusparādības var rasties, ja pacientam ir smaga nieru mazspēja un viņš tiek pakļauts gadolīniju saturošai kontrastvielai. Šī blakusparādība ir slimība, ko sauc par nefrogēnu sistēmisku fibrozi, kas ir neārstējama un dažreiz letāla. Ir salīdzinoši maz ticams, ka šī blakusparādība radīsies, jo nieru mazspēja parasti tiek konstatēta pirms MRI, kurā iesaistīts gadolīnijs.
Ļoti reti dzelzs organismā izraisīs sāpīgas MRI blakusparādības. Feromagnētiskie objekti var spēcīgi pārvietoties no jebkuras pozīcijas MRI aparāta tuvumā. Ja tie atrodas ķermeņa iekšienē, tie var radīt nopietnu kaitējumu iekšējiem orgāniem. Persona ar metāla plombām zobos var just vieglu tirpšanu, bet nelielas zobu stiprinājumi parasti nav problemātiski procedūras veikšanai.
Visbiežāk sastopamā MRI blakusparādība, šķiet, ir paaugstināta jutība pret iespējamām veselības problēmām. MRI iekārta ir saspringta un bieži vien nepazīstama tehnoloģija, un daudzi cilvēki ļoti uztraucas par sajūtām, kuras parasti neuzskata par satraucošām. Sajūta tirpšana vai reibonis, kas parasti paliek nepamanīts, vai jebkādas sāpju sajūtas rada nopietnas bažas. Iespējamā iespēja, ka ir bijušas lielas blakusparādības, izraisa arī panikas simptomus. No šīm blakusparādībām var izvairīties, runājot ar uzticamu ārstu un atzīstot, ka MRI ir ļoti droša procedūra.