Medicīniskām zondēm ir divas galvenās šķirnes: instrumenti vai vielas. Abus parasti izmanto, lai izpētītu ķermeņa daļas, kuras var nebūt viegli sasniedzamas. Iepriekšējās šķirnes ietver zobu zondi, anālo zondi un brūces zondi. Instrumentu zondes var sīkāk klasificēt pēc to izskata un mērķa, piemēram, plakanā zonde, lodveida zonde un bungas zonde. Vielas, kas varētu kalpot kā medicīniskās zondes, ir dažādas, sākot no DNS līdz radioaktīvajiem izotopiem.
Fiziskie instrumenti, kas sastāv no tādiem materiāliem kā tērauds, plastmasa vai stikls, veido galveno medicīnisko zondes piederumu daļu. Šīs ierīces parasti ir plānas un iegarenas, jo tās bieži tiek ievietotas mazās korpusa atverēs un tām ir viegli jāpārvietojas pa šauriem ķermeņa dobumiem. Tāpēc tie var būt arī izstrādāti ar zināmu elastību. Speciālie ražotāji parasti izveido medicīniskās zondes lietošanai slimnīcās, klīnikās un citās medicīnas iestādēs.
Izpēte vairumā gadījumu ir medicīniskās zondes vispārējais mērķis. Dažreiz tie ir īpaši paredzēti noteiktai ķermeņa daļai, piemēram, mutei vai tūpļa atverei. Šādām izpētes zondēm bieži ir neass gals, lai izvairītos no jebkādiem miesas bojājumiem, un tādējādi tās klasificē kā plakanas zondes. Citām, piemēram, periodonta zondēm, ir asāks un precīzāks gals, lai labāk piekļūtu īpaši šaurām vietām, piemēram, starp zobiem.
Daži medicīniskās zondes instrumenti sniedz svarīgu informāciju arī lietotājam. Piemēram, ar zobārstniecības zondēm, piemēram, automatizēto zondi, izgriezto zondi un Williams zondi, var izmērīt tādus faktorus kā zobu kaula zudums un smaganu slimības progresēšana. Bungu zondes ir piestiprinātas ar zondēšanas mēriem, kas var palīdzēt noteikt patoloģiskas metāla daļiņas, savukārt Doplera zondes mēra asins plūsmu. Lodveida zonde palīdz arī veikt iekšējos mērījumus.
Dažos gadījumos medicīniskā zonde var palīdzēt veikt noteiktu funkciju. Elektroejakulācijas zonde ir pašsaprotama, jo tā nodrošina nelielu ķermeņa apakšdaļas šoka ārstēšanu vīriešu labā. No otras puses, acu zondēm ir gali, kas ļauj piestiprināt pavedienu. Dažas zondes darbojas kā katetri, kas var ievadīt vai izvadīt šķidrumus organismā. Turklāt devējus, kas palīdz nosūtīt un saņemt ultraskaņas iekārtu viļņus, var arī klasificēt kā zondes.
Zinātnieki un medicīnas speciālisti dažreiz injicē organismā vielas, kas darbojas kā medicīniskā zonde. Piemēram, zinātnieki var manipulēt ar atomiem un kodoliem, lai izveidotu radioaktīvos izotopus. Daži procesi var arī atdalīt DNS virknes izmantošanai zondē. Šādos gadījumos vielas tiek ķīmiski marķētas un pēc tam ievadītas organismā, kur tās palīdz atrast infekciozos organismus.