Cilvēks var pagatavot daudz dažādu pildītu kūciņu veidu. Piemēram, kēksus var pildīt ar augļiem, krējuma sieru vai krējuma glazūru. Ir arī eksotiskākas iespējas, piemēram, mandeļu olu krēma pildījums. Cilvēks var pildīt kēksus, izmantojot dažas metodes, taču visizplatītākā ir iedobuma izveidošana kūkā vai konditorejas maisiņa uzgaļa izmantošana, lai katrā kēksā izveidotu nelielu caurumu. Izmantojot izveidoto caurumu vai dobumu, kēksus var pildīt pēc vēlēšanās.
Pildītas kūciņas var pagatavot dažādos veidos. Viena populāra šo desertu gatavošanas metode ir neliela kūciņa iekšpuses daļa un iepildīta caurumā ar izvēlētu pildījumu. Pēc tam cilvēks var nogriezt nelielu apli no tās daļas, ko viņš izņēma no kēksa, un novietot to virs pildījuma tā, lai tas izveidotu “vāku”. Ja vāks ir pareizā izmēra, tas aiztaisīs caurumu kēksā, un pavārs var noslēpt griezuma pēdas ar glazūru.
Vēl viens veids, kā izveidot pildītas kūciņas, prasa konditorejas maisiņu un uzgali, kas spēj kūkā izveidot nelielu caurumu. Cilvēks var piepildīt konditorejas maisiņu ar paša izvēlētu pildījumu un pēc tam iespiest pildījumu kēksa vidū caur konditorejas maisiņa uzgaļa izveidoto caurumu. Izmantojot šo metodi, kēksa augšpusē paliek tikai neliels caurums, ko var paslēpt ar glazūru vai kēksu dekorācijām. Kā alternatīvu šo metodi var izmantot, lai pildījumu ievietotu kūkas apakšā, nevis augšpusē.
Krējuma pildījums, ko parasti gatavo no sviesta, saīsinājuma, konditorejas cukura un vaniļas ekstrakta, ir izplatīta kēksu izvēle. To var izmantot ar jebkuru kūku vai saldējuma garšu, taču daudzi cilvēki to dod priekšroku ar šokolādes vai vaniļas kūciņām, kas papildinātas ar vaniļas vai šokolādes glazūru. Šis pildījums parasti darbojas labi ar jebkuru pildīšanas metodi.
Dažreiz kēksu pildīšanai cilvēki izmanto augļus, pudiņu un krējuma sieru. Krēmsiera, pudiņa un līdzīgas konsistences piedevu pievienošanai ir piemērota jebkura pildīšanas tehnika. Tomēr augļus parasti ievieto kēksa iekšpusē, izmantojot pildīšanas metodi, kas paredz, ka kūciņā caur augšpusi izvelk dobumu.
Papildus šiem parastajiem kēksu pildījumiem, lai pagatavotu pildītas kūciņas, cilvēks var izmēģināt kādu no neparastām izvēlēm, piemēram, mandeļu olu krēmu vai zemesriekstu sviestu. Mandeļu olu krēma pildījumu parasti gatavo no mandeļu ekstrakta, cukura, piena un olām, un tas bieži vien ir lieliski piemērots gan vaniļas, gan šokolādes kūciņām. Zemesriekstu sviesta pildījums parasti labi sader ar šokolādes glazūru un šokolādes kūku.