Nakts klepus cēloņi ir daudz. Daudzi no tiem var izraisīt klepu dienas laikā, taču visbiežāk nakts klepus izraisa tādas slimības kā saaukstēšanās, vīrusi, alerģijas, astma un bakteriālas elpceļu un deguna blakusdobumu infekcijas. Dažas slimības vai stāvokļi no šīm grupām ir saistīti ar klepus pasliktināšanos naktī. Citi faktori, kas var izraisīt klepu naktī, ir specifiski medikamenti vai slimības, piemēram, kuņģa-zarnu trakta refluksa slimība (GERD) un sastrēguma sirds mazspēja (CHF).
Jebkāda veida smaga sinusa vai elpceļu sastrēgums var izraisīt klepus pasliktināšanos naktī. Guļus apgrūtina flegma aizplūšanu, un kaklā var uzkrāties gļotas, kas stimulē nakts klepu. Citi faktori, piemēram, sauss gaiss vai mājas alergēnu iedarbība, var izraisīt arī lielāku klepu. Nedaudz paceļot galvu ar papildu spilvenu pieaugušajiem vai spilvenu zem matrača bērniem, var palīdzēt ar gravitācijas izraisītām klepus problēmām, savukārt mitrinātāju lietošana un mēģinājums samazināt alergēnu daudzumu mājās var uzlabot mitrumu vai alerģiju izraisītu klepu.
Dažas infekcijas ir īpaši atzīmētas ar klepus saasināšanos, un abas visbiežāk rodas bērniem. Krups, kas var rasties ar daudziem vīrusiem vai bakteriālām infekcijām, izraisa riešanu, roņiem līdzīgu klepu, kas var sākties dažas stundas pēc bērna gulēšanas. Garais klepus vai garais klepus arī mēdz būt sliktāks naktī. Šie apstākļi laika gaitā uzlabojas, un krusts var labvēlīgi reaģēt uz mitrāku vidi.
Alerģiski stāvokļi bieži var izraisīt nakts klepu, kas dienā nenotiek daudz. Tas izskaidrojams ar to, ka daudziem cilvēkiem ir alerģija pret lietām, kas atrodas savās mājās, un pēc visu dienu ārā viņi nonāk mājās, saskaroties ar alergēniem, kas izraisa deguna blakusdobumu problēmas. Kamēr viņi ir gatavi gulēt, deguna blakusdobumi un elpceļi var būt ļoti kairināti, radot nakts klepu. No otras puses, kad cilvēki atstāj māju uz dienu, simptomi uzlabojas. Astma, ko var izraisīt vai nevar izraisīt alerģija, ir vēl viens stāvoklis, ko var raksturot ar nakts klepu.
Dažreiz nakts klepus nav saistīts ar vīrusiem, bakteriālām infekcijām, alerģijām vai astmu. GERD ir papildu likumpārkāpējs, kas izraisa kuņģa skābes plūsmu atpakaļ pa barības vadu. Šis kairinājums var izraisīt nepārtrauktas iesnas, un dažiem cilvēkiem tas izraisa klepu, kas pastiprinās naktī, daļēji gravitācijas dēļ. Sastrēguma sirds mazspējai, kurā sirds funkcija ir pavājināta, kā primārais simptoms ir klepus, kas pastiprinās guļus stāvoklī. Ja nav skaidra klepus cēloņa, cilvēkiem jāsaņem medicīniska palīdzība, lai izslēgtu tādus apstākļus kā astma, GERD un CHF.
Vēl viens nakts klepus cēlonis ir noteiktas zāles, ko lieto sirds mazspējas un augsta asinsspiediena ārstēšanai. Jo īpaši AKE inhibitori, piemēram, kaptoprils, lizinoprils un enalaprils, bieži izraisa klepu, kas var būt visaktīvākais naktī. Ja tas traucē miegu, var izmēģināt citus antihipertensīvos līdzekļus.