Sāpes ir viens no visgrūtāk definējamiem vārdiem. Tas var būt saistīts ar daudzām sajūtām — sāpēm, dedzināšanu, plīsumiem, durošiem — un dažādas smaguma pakāpes, taču viena īpašība, kurai visi var piekrist, ir tāda, ka sāpes ir neērtas. Daudzos gadījumos var vismaz izdarīt apzinātu minējumu par sāpju avotu. Tomēr dažu veidu, piemēram, locītavu sāpju, atrašanās vieta var apgrūtināt identificēšanu. Turklāt daudzi apstākļi izraisa vispārēja veida sāpes, kas sākotnēji var šķist nenosakāmas. Kaites, kas var izraisīt neizskaidrojamas sāpes, ir nervu disfunkcija, autoimūnas traucējumi, barības vielu deficīts un somatoformas sāpes vai citi psiholoģiski avoti.
Iekaisuma slimības, īpaši ap kauliem un locītavām, var izraisīt pietūkumu un kairinājumu. Tā kā šīs kaites rodas ķermeņa iekšienē, sāpes sākumā var šķist neizskaidrojamas. Šāds iekaisums bieži vien ir nelielas traumas vai infekcijas rezultāts. Saistītās sāpes var izplatīties gar kauliem, padarot sāpju avotu grūti atrodamu, tādējādi radot šķietami neizskaidrojamas sāpes.
Daži traucējumi, piemēram, autoimūnas slimības un vēzis, var arī izpostīt trauslās iekšējās struktūras. Pirmajā gadījumā apstākļi, piemēram, sarkanā vilkēde, apgrūtina ķermeņa aizsardzības balto asins šūnu atšķiršanu starp kaitīgām vielām un normāliem ķermeņa audiem. Tā rezultātā imūnsistēma faktiski uzbrūk ķermenim, kas, iespējams, izraisīs sāpes. Vēža šūnām ir līdzīga kaitīga ietekme uz veseliem audiem, jo īpaši, ja slimība izplatās un iekļūst dažādās ķermeņa zonās. Jebkas, sākot no dziedzeriem līdz asinsvadiem, var būt vērsts uz šiem nopietnajiem stāvokļiem, un ķermenim savukārt tiek radīts vesels komplikāciju kopums, tostarp neizskaidrojamas sāpes.
Vēl viens galvenais sāpju avots, ja nav acīmredzama iemesla, ir nervu darbības traucējumi. Nervu gali var aizdegties un izraisīt vēlākas tirpšanas vai dedzināšanas sajūtas. Šīs periodiskās neērtības var rasties jebkurā ķermeņa vietā un var pasliktināties naktī vai pieskaroties. Pamatnosacījumi, piemēram, diabēts, celiakija un autoimūnas traucējumi, var izraisīt nervu bojājumus. Dažos gadījumos precīzi šo stāvokļu cēloņi nav zināmi.
Būtisku uzturvielu atņemšana ķermenim var vājināt arī dažādas zonas, izraisot šķietami neizskaidrojamas sāpes. Piemēram, D vitamīna deficīts var padarīt kaulus trauslus un uzņēmīgākus pret nodilumu un ar to saistītajām sāpēm. Citi trūkumi var ietekmēt muskuļus un ādu.
Viens no noslēpumainākajiem un noslogotākajiem ķermeņa orgāniem, smadzenes, galu galā ir atbildīgs par visām sāpēm neatkarīgi no tā, vai tās ir izskaidrojamas vai neizskaidrojamas sāpes. Šis orgāns sūta un saņem signālus, kurus ķermenis atpazīst kā sāpes. Dažkārt smadzenes var nejauši nosūtīt šos signālus, lai gan precīzs šīs reakcijas iemesls lielākoties ir noslēpums. Fibromialģija ir viens no stāvokļiem, ko, domājams, daļēji izraisa jutīgi sāpju receptori smadzenēs, un to raksturo ārkārtējs nogurums un sāpes pēc spiediena. Turklāt daži psiholoģiski faktori, piemēram, stress un depresija, var mainīt smadzeņu ķīmisko sastāvu un veicināt sāpes, sāpes un vispārēju sliktu pašsajūtu.