Ražotāji un lauksaimnieki visā pasaulē izvada piesārņotājus hidroloģiskajās sistēmās. Rūpniecisko ūdens piesārņojumu rada lauksaimniecības prakse, mežu izciršana un slikta zemes apsaimniekošana. Turklāt rūpnieciskās avārijas, piemēram, naftas vai ķīmisko vielu noplūdes, var radīt liela mēroga traucējumus hidroloģiskajās sistēmās. Arī komerciālās ieguves darbības var piesārņot gan virszemes ūdeņus, gan ūdens nesējslāņus. Siltuma ūdens piesārņojums var rasties rūpniecisko procesu rezultātā, kuros tiek izvadīts uzsildīts ūdens.
Nevēlama lauksaimniecības prakse ir galvenais rūpnieciskā ūdens piesārņojuma avots. Šāda veida piesārņojums rodas, ja nokrišņi vai apūdeņošana izraisa noteci no lauksaimniecības laukiem. Noteces bieži vien nes sev līdzi ievērojamu daudzumu organisko vielu, kā arī ķīmisko mēslojumu un pesticīdus. Rezultātā šie piesārņotāji nonāk estuāros un strautos.
Rūpnieciskie procesi, kuru rezultātā notekūdeņi tiek novadīti strautos un upēs, var piesārņot gan saldūdens, gan sālsūdens objektus. Šie notekūdeņi var nest rūpniecisko ūdens piesārņojumu daudzu jūras jūdžu garumā, ietekmējot jūras savvaļas dzīvniekus. Smagie metāli var būt dažos rūpnieciskajos atkritumos. Šie metāli, piemēram, dzīvsudrabs, svins vai berilijs, var nosēsties straumju un plūdmaiņu baseinu dibenā.
Šo norobežojumu noņemšana var būt ļoti sarežģīta, jo, izjaucot nogulsnes, var palielināties risks, ka cilvēki un dzīvnieki tiks pakļauti toksisko metālu iedarbībai. Var būt spēkā noteikumi, kas sodīs šādas darbības; tomēr nievājošie bieži izmanto sliktu izpildi. Daudzviet pasaulē bīstamo atkritumu nelegāla izgāšana ir pārāk izplatīta parādība.
Rūpnieciskās avārijas var izraisīt ārkārtīgi lielu rūpnieciskā ūdens piesārņojuma izplūdi. Ievērības cienīgs piemērs ir naftas noplūde Deep Horizon, kas notika pie Luiziānas piekrastes ASV 2010. gadā, kas bija lielākā naftas noplūde ASV vēsturē. Postošāks negadījums, kas izraisīja ilgstošu rūpniecisko ūdens piesārņojumu, bija Union Carbide gāzes noplūde Bopalā, Indijā 1984. gadā. Negadījuma rezultātā ne tikai gāja bojā un tika ievainoti, bet arī tika piesārņoti gruntsūdeņi.
Komerciālā ieguve vēsturiski ir izraisījusi toksisku metālu piesārņojumu gan virszemes, gan gruntsūdeņos. ASV urāna raktuves Vašingtonas štatā pārtrauca ražošanu 1981. gadā, tomēr 30 gadus vēlāk apgabala iedzīvotāji piedzīvoja augstāku sliktas veselības līmeni, ko daži eksperti attiecināja uz atklātu urāna ieguvi. Dūņas ezera dibenā netālu no ieguves vietas joprojām bija ļoti radioaktīvas pēc desmitiem gadu.
Termiskais piesārņojums ir vēl viens rūpnieciskā ūdens piesārņojuma aspekts. Tas notiek, kad uzkarsēti rūpnieciskie notekūdeņi, kas nonāk straumēs vai estuāros, paaugstina apkārtējā ūdens temperatūru, ietekmējot savvaļas dzīvniekus. Kodolreaktori ir viens no šādiem termiskā piesārņojuma avotiem, jo dažu atomelektrostaciju projektēšanā tiek cirkulēts okeāna ūdens, lai uzturētu stacijas siltuma efektivitāti.