Tiem, kuriem ir lipekļa nepanesamība, parasti ir vairāki dažādi simptomi, tāpēc ir svarīgi, lai viņi uzņemtu tikai glutēnu nesaturošus pārtikas produktus, lai novērstu problēmu. Daži no visbiežāk sastopamajiem lipekļa nepanesības simptomiem ir depresija, aizkaitināmība, nogurums un pēkšņas svara izmaiņas. Gremošanas problēmas ir izplatītas arī tiem, kas cieš no šīs autoimūnās slimības, tostarp sāpes vēderā, vēdera uzpūšanās, aizcietējums un krampji. Visbeidzot, biežas infekcijas var būt arī lipekļa nepanesības pazīme, jo imūnsistēma parasti ir apdraudēta. Tā kā daudzi no šiem simptomiem var liecināt par dažādiem traucējumiem, lipekļa nepanesamība parasti tiek diagnosticēta tikai tad, ja pacientam tiek novēroti gandrīz visi simptomi.
Viens no visbiežāk sastopamajiem lipekļa nepanesības simptomiem, par ko cilvēki var sūdzēties par ārkārtēju nogurumu. Tas nav pārsteidzoši, jo šis simptoms ir viens no visbiežāk sūdzētajiem, kad runa ir par jebkuru slimību, taču lipekļa nepanesībai ir arī virkne papildu pazīmju, piemēram, depresija un aizkaitināmība. Vēl viens no visbiežāk sastopamajiem lipekļa nepanesības simptomiem ir neizskaidrojams svara pieaugums, ievērojot diētu, kurā ir iekļauti pārtikas produkti ar lipekli, lai gan dažiem cilvēkiem ir arī pēkšņs svara zudums.
Daži no visbiežāk novērotajiem lipekļa nepanesības simptomiem ir saistīti ar gremošanas sistēmu, kas var nebūt pārsteidzoši, jo galvenais šī traucējuma vaininieks ir pārtikas produkts. Aizcietējums un pēc tam vēdera uzpūšanās mēdz parādīties tiem, kas cieš no lipekļa jutības. No otras puses, caureja un sāpes vēderā bieži tiek novērotas arī tiem, kam ir lipekļa nepanesamība. Dažiem cilvēkiem var rasties caureja un aizcietējums vairākas dienas, izraisot krampjus, sāpes vēderā un vispārēju diskomfortu.
Lai gan nespēja cīnīties ar daudzām infekcijām var šķist nesaistīta ar šo medicīnisko stāvokli, patiesībā tā ir sagaidāma, jo lipekļa nepanesības rezultātā tiek iznīcināta tievās zarnas gļotāda. Tā kā tieši šeit atrodas liela daļa ķermeņa imūnsistēmas, nav jābrīnās, ka antivielu, kas parasti cīnās ar infekciju, ir maz. Tas atstāj gļotādas, piemēram, acis, muti, deguna blakusdobumus un maksts, patogēnu žēlastību, bieži izraisot biežas saaukstēšanās un infekcijas, kas ietekmē deguna blakusdobumus, maksts, acis un urīnceļus. Turklāt elpceļus un gremošanas traktus ļoti ietekmē arī antivielu trūkums, izraisot biežas kuņģa problēmas, tostarp čūlas un zarnu darbības traucējumus. Citi šķietami nesaistīti lipekļa nepanesības simptomi ir vīriešu un sieviešu neauglība, vitamīnu trūkums, anēmija, laktozes nepanesamība, galvassāpes, garastāvokļa svārstības un kaulu un locītavu sāpes.