Ir daudz dažādu imūno traucējumu veidu, un tos parasti iedala divos apakštipos. Sistēmiski imūnsistēmas traucējumi raksturo stāvokli, kad imūnsistēmas traucējumi ietekmē vairāk nekā vienu orgānu organismā, turpretim lokalizēti imūnsistēmas traucējumi parasti ietekmē tikai vienu orgānu. Daži no biežāk sastopamajiem sistēmisko imūno traucējumu veidiem ir reimatoīdais artrīts un sarkanā vilkēde. Bieži sastopami lokalizētu imūnsistēmas traucējumu veidi ir cukura diabēts, multiplā skleroze un Adisona slimība. Imūnās sistēmas traucējumi parasti apraksta slimības, kurās imūnsistēma kļūdaini mērķē un iznīcina veselus audus organismā, lai gan daži imūnsistēmas traucējumi ir saistīti ar novājinātu imūnsistēmu.
Reimatoīdais artrīts ir stāvoklis, kas parasti izraisa iekaisumu un locītavu bojājumus. Tas var attīstīties jebkurā ķermeņa locītavā, bet visbiežāk skar rokas un plaukstu locītavas. Precīzs reimatoīdā artrīta cēlonis nav zināms, bet tiek uzskatīts, ka to izraisa bakteriālas infekcijas locītavās vai audos, kas apņem locītavas. Tas var skart cilvēkus jebkurā vecuma grupā, lai gan tas ir biežāk sastopams cilvēkiem, kas vecāki par 30 gadiem, un šķiet, ka tas ir biežāk sastopams sievietēm nekā vīriešiem. Reimatoīdais artrīts ir neinfekciozs sistēmisks imūnsistēmas traucējums, un, tiklīdz imūnsistēma sāk uzbrukt locītavu audiem, tas parasti izplatās un var uzbrukt arī veseliem audiem plaušās un citos orgānos.
Lupus ir cita veida sistēmiski imūnsistēmas traucējumi, un, tāpat kā reimatoīdais artrīts, arī tas ir biežāk sastopams sievietēm nekā vīriešiem. Tiek uzskatīts, ka tā nav lipīga, un precīzs slimības cēlonis nav noskaidrots. Šķiet, ka daži pētījumi liecina, ka vilkēde vismaz daļēji var būt saistīta ar ģenētiku, jo cilvēkiem, kuru radinieki cieš no šīs slimības, ir lielāks risks pašiem saslimt ar sarkano vilkēdi. Daži pētnieki uzskata, ka var būt vides izraisītājs, kas izraisa vilkēdes parādīšanos. Smēķēšana un ultravioletā starojuma iedarbība, iespējams, ir saistīta ar slimību.
Multiplā skleroze (MS) ir imūnsistēmas traucējumi, kas galvenokārt ietekmē nervu sistēmu. To uzskata par lokalizētu traucējumu, taču, tā kā tas uzbrūk nervu sistēmai, simptomi var izpausties daudzās ķermeņa daļās. MS ir slimība, kuras rezultātā imūnsistēma uzbrūk nervu aizsargpārklājumam. Slimības smagums dažādiem cilvēkiem ir ļoti atšķirīgs, taču ļoti ārkārtējos gadījumos pacienti var nespēt staigāt vai runāt. Pašlaik MS nav izārstēta.
Iegūtais imūndeficīta traucējums (AIDS) ir pilnīgi cita veida imūnsistēmas traucējumi. AIDS nav raksturīgs ar to, ka imūnsistēma uzbrūk veseliem audiem, tā vietā tas ir stāvoklis, kad imūnsistēma ir tik novājināta, ka tā nedarbojas pietiekami labi, lai cīnītos pret slimībām. Atšķirībā no vairuma citu imūnsistēmas traucējumu AIDS tiek uzskatīts par lipīgu, apmainoties ar ķermeņa šķidrumiem, piemēram, gļotām vai asinīm.