Vienīgais čūlainā kolīta līdzeklis, ko piedāvā tradicionālā medicīna, ir ķirurģija. Tas var uzlabot dzīves kvalitāti, bet nespēj novērst visus ar slimību saistītos sarežģījumus. Tādējādi zāles bieži izmanto, lai palīdzētu mazināt simptomus un kontrolētu stāvokli bez operācijas. Alternatīvā medicīna koncentrējas uz noteiktu uztura izmaiņu veikšanu un dabisku līdzekļu izmantošanu čūlainā kolīta ārstēšanai. Uztura bagātinātājus izmanto arī dabiskajā medicīnā kā daļu no ārstēšanas.
Vieglākos gadījumos parastie ārsti izraksta dažādas zāles, kas palīdz mazināt slimības uzliesmojumus, novērš stāvokļa pasliktināšanos un kopumā palīdz uzlabot pacienta dzīves kvalitāti. Turklāt šīs zāles arī palīdz samazināt vēža risku, kas bieži vien ir saistīts ar čūlaino kolītu. Pretiekaisuma līdzekļi bieži tiek parakstīti, jo tie var palīdzēt samazināt iekaisumu resnajā zarnā, kā arī visā pārējā ķermeņa daļā. Imūnmodulatori, kas ir imūnsupresanti, tiek ievadīti pacientiem, kuri slikti reaģē uz pretiekaisuma līdzekļiem.
Smagos gadījumos pacientam var būt jāveic viena no divu veidu operācijām. Ileoanālā anastomoze ir operācija, kurā tiek pilnībā noņemta resnās un taisnās zarnas gļotāda. Ilium, kas ir tievās zarnas gals, pēc tam tiek savienots ar tūpļa atveri, ļaujot pacientam turpināt zarnu kustību.
Otrs operācijas veids ir proktokolektomija un ileostomija, ko veic gadījumos, kad indivīds ir jutīgs pret anestēziju. Resnā zarna, taisnā zarna un tūpļa tiek pilnībā noņemtas, un ilium ir pievienots nelielai mākslīgai atverei vēdera lejasdaļā. Tas ļauj atkritumiem noplūst īpašā noņemamā maisiņā, kas pazīstams kā stomas maisiņš. Lai gan šķiet, ka ķirurģija var izārstēt čūlaino kolītu, tā nepalīdz novērst tādas komplikācijas kā infekcija, ko izraisa izkārnījumu noplūde vai zarnu aizsprostojums.
Čūlainā kolīta ārstēšana alternatīvajā medicīnā ir saistīta ar uztura izmaiņām, uztura bagātinātājiem un klizmu. Diētas izmaiņas ietver pikantu pārtikas produktu, rafinētu pārtikas produktu, piemēram, cukura un miltu, neapstrādātu pārtikas produktu, kafijas un alkohola izslēgšanu. Ieteicama resnās zarnas tīrīšana, kas ietver sulas badošanos un silta ūdens klizmu ievadīšanu. Pēc pacienta badošanās mazās porcijās uzturā atkal tiek iekļauti mīksti vārīti ēdieni, piemēram, rīsi, kartupeļi, tvaicēti dārzeņi un auzu pārslas. Pēc tam, kad stāvoklis sāk dziedēt, pakāpeniski tiek atjaunota arī neapstrādāta pārtika.
Floras atjaunošana zarnās var arī palīdzēt izārstēt čūlaino kolītu. To var izdarīt, ievadot paniņas un citas draudzīgas baktērijas resnajā zarnā. Draudzīgās baktērijas var uzņemt arī iekšķīgi no probiotikām, paniņām, jogurta un skābētiem kāpostiem. Vēl viens dabisks līdzeklis, ko izmanto čūlainā kolīta ārstēšanai, ir uztura bagātinātāju, piemēram, A, B, C un D vitamīnu, kā arī kalcija piedevu lietošana.