Amigdala, kas nosaukta tāpēc, ka tā atgādina mandeles, ir kodolu kopums smadzenēs, kas atrodas cieši viens pie otra un tāpēc sagrupēti zem viena nosaukuma. Starp izcilākajiem ir bazolaterālais komplekss, centromediālais kodols un kortikālais kodols. Amigdala ir daļa no limbiskās sistēmas, kas ir atbildīga par emociju regulēšanu. Visbiežāk tas ir saistīts ar baiļu un trauksmes emocijām, un tā lielums ir pozitīvi korelēts ar agresijas līmeni noteiktā sugā. Tas ir saistīts arī ar baudas emociju, lai gan galvenokārt negatīvā nozīmē, ti, baudu, kas dažkārt ir raksturīga agresijai.
Ir divas amigdalas, kas simetriski izvietotas netālu no smadzeņu centra, tieši virs hipotalāma. Katrs no tiem ir aptuveni 1 collu (2.54 cm) garš. Šai struktūrai pēdējās desmitgadēs ir pievērsta liela uzmanība, un tā ir bijusi daudzu pētniecības projektu uzmanības centrā.
Amigdalai ir galvenā loma tā dēvētajā “vispārēja mērķa aizsardzības reakcijas kontroles tīklā”, un tā reaģē uz nepatīkamiem skatiem, sajūtām vai smakām. Dusmas, izvairīšanās un aizstāvēšanās ir emocijas, ko galvenokārt aktivizē šī smadzeņu daļa. Tās evolūcijas pirmsākumi meklējami agrīnajās zivīs, un tai ir tieša saikne ar vienu no vecākajām maņu zonām – ožas spuldzi. Amygdala ir atbildīga par senču ciešanu pazīmju aktivizēšanu, piemēram, “saspīlēta mute” un aizsardzības pozas, piemēram, pieliecoties.
Tāpat kā daudzas limbiskās sistēmas daļas, amigdalas darbība nav saistīta tikai ar kādu emociju. Slikta amigdaliskā darbība ir saistīta ar trauksmi, autismu, depresiju, narkolepsiju, pēctraumatiskā stresa traucējumiem, fobijām un šizofrēniju. Bojājumu pētījumi ar pērtiķiem ir parādījuši, ka, ja šī struktūra ir bojāta pirms sešu mēnešu vecuma, indivīdiem ir grūtības pielāgoties sociālajai dzīvei. Tas ir tāpēc, ka amigdala ir nepieciešama ne tikai emociju, piemēram, baiļu, pārdzīvošanai, bet arī šo emociju modelēšanai un ātrai atpazīšanai citos. Tādējādi bojātais ir kļuvis saistīts ar autisma stāvokli vai sociālo aklumu.
Cilvēkiem amigdala ir smadzeņu struktūra, kas visvairāk atšķiras starp dzimumiem. Kad tēviņi tiek kastrēti, to izmērs samazinās par 30%. Depresija ir saistīta ar asimetriskiem amigdalas izmēriem.