Apakšvienības vakcīna ir vakcīna, kas satur izolētus proteīnus no vīrusa, bet tai trūkst vīrusa nukleīnskābes. Šīs vakcīnas pakļauj ķermeni antigēnu iedarbībai, lai tas varētu iemācīties tos atpazīt, nepakļaujot organismu vīrusu replikācijas un sekojošas infekcijas riskam. Vairākas gripas vakcīnas ir pieejamas apakšvienību vakcīnu veidā, un daudzi zāļu uzņēmumi strādā pie šīs tehnoloģijas pielietošanas arī citu veidu vakcīnu izstrādē. Galvenā apakšvienības vakcīnas izmantošanas priekšrocība ir tā, ka tā ir ļoti droša pat cilvēkiem ar novājinātu imūnsistēmu.
Lai izgatavotu apakšvienību vakcīnas, farmācijas uzņēmumi atdala visu, izņemot proteīnus, kas saistīti ar specifiskiem un unikāliem antigēniem. Izmantojot gēnu inženieriju, ar organismiem var manipulēt, lai tie izteiktu šos proteīnus lielos daudzumos vakcīnas ražošanai. Apakšvienības vakcīna nav virulenta, jo tā nesatur vīrusa ģenētisko materiālu, tikai vīrusa ārpuses esošās olbaltumvielas.
Kad šīs vakcīnas tiek ievadītas, imūnsistēma iemācās atpazīt antigēnus un izstrādā specifiskas antivielas. Tas nodrošina, ka, vīrusam nonākot organismā, imūnsistēma to identificēs un iznīcinās, pirms tam būs iespēja sākt vairoties un izraisīt slimību. Tā kā apakšvienības vakcīnas materiāls nav spējīgs vairoties, blakusparādību risks ir ļoti zems un vakcīnas ir drošas lietošanai cilvēkiem ar vāju imūnsistēmu.
Viena no apakšvienību vakcīnu ražošanas tehnikas problēmām ir tāda, ka dažkārt proteīnu izolēšana tos denaturē, izraisot to atšķirīgu formu. Imūnsistēma izstrādā antivielas pret denaturētajiem proteīniem, bet neatpazīs vīrusa proteīnus in situ uz vīrusa pārklājuma. Daži pētnieki ir pievērsušies šim jautājumam, izgatavojot rekombinantās apakšvienību vakcīnas, kur bīstama vīrusa olbaltumvielas tiek kombinētas ar labdabīgu vīrusu, lai tās piegādātu vakcīnas veidā. Tas neļauj olbaltumvielām denaturēties un māca imūnsistēmai atpazīt olbaltumvielas uz vīrusa virsmas.
Specifisku proteīnu izolēšana sniedz iespēju vakcinēties pret vairākiem vīrusa celmiem, kas ir svarīga gripas vakcīnu īpašība. Cilvēka imūndeficīta vīrusa vakcīnu izpēte ir saistīta arī ar apakšvienību vakcīnu izstrādi, kas varētu izmantot specifiskus proteīnus, lai mācītu ķermenim atpazīt un izvadīt HIV, nepakļaujot cilvēkus vīrusa replikācijas un HIV infekcijas riskam.