Augu anatomija ir augu fiziskās struktūras izpēte. To sauc arī par fitoanatomiju, un šīs zinātnes disciplīnas praktizētājs ir pazīstams kā fitoanatoms. Tāpat kā ar dzīvnieku anatomiju, mērķis ir uzzināt vairāk par to, kā organismi tiek apvienoti un kā tie darbojas, izmantojot šo informāciju, lai iegūtu dziļākas zināšanas par to, kā rūpēties par augiem un kā cīnīties ar slimībām, kas tos ietekmē. Fitoanatomi strādā vairākos apstākļos, tostarp dabas vēstures muzejos, dendrāriju un laboratorijās, kas izstrādā jaunus augus lauksaimniecībai un ainavu veidošanai.
Fitoanatomi gan pēta augu struktūru kopumā, gan izdala tos, lai uzzinātu par to sastāvdaļām. Tas var notikt arī mikroskopiskā līmenī, anatomam pārbaudot augu šūnas, lai uzzinātu vairāk par to funkcijām un atšķirtu dažāda veida augu šūnas. Augu anatomisti interesējas arī par augu attīstību, sākot no to agrīnajiem sēklu posmiem līdz to briedumam līdz pieauguša cilvēka vecumam.
Preparējot un pētot augus, pētnieki var uzzināt par atšķirībām starp dažādiem augiem, kas ir svarīga augu taksonomijas sastāvdaļa. Piemēram, divi augi var izskatīties ļoti līdzīgi uz virsmas, taču tie ir radikāli atšķirīgi, ja tos izdala un aplūko mikroskopā. Šīs atšķirības var izmantot, lai aprakstītu un klasificētu augus, lai tos varētu ievietot taksonomiskajā sistēmā. Augu anatomija var ietvert arī rūpīgu jaunatklāto augu izpēti, lai apstiprinātu, ka tie ir unikāli, un apkopotu par tiem datus, ko var izmantot, lai tos klasificētu.
Arvien biežāk cilvēki atdala augu anatomiju un morfoloģiju, jo anatomija ir saistīta ar augu iekšējo struktūru, savukārt morfoloģija ietver auga ārējo izskatu. Tomēr daži lauki pārklājas. Piemēram, ziedu var pārbaudīt morfologs un anatoms, abi interesējoties par zieda ārējo un iekšējo struktūru, lai uzzinātu vairāk par to.
Cilvēki, kas strādā par augu anatomiem, parasti apmeklē koledžas kursus botānikā, bioloģijā un saistītās tēmās. Viņi var izvēlēties koncentrēties uz konkrētiem augu veidiem, piemēram, tropiskiem augiem, pārtikas kultūrām utt., vai arī viņi var strādāt par vispārīgiem anatomiem tādās iestādēs kā dabas vēstures muzeji, kataloģizējot jaunus ieguvumus un pārvaldot esošās kolekcijas, lai tās varētu viegli apmeklētāji to izmanto kā resursu. Viņi var strādāt arī tādās vietās kā farmācijas pētniecības laboratorijas, pētot augus ar ārstnieciskām īpašībām.