Patogēns nāk no diviem grieķu vārdiem: pathos, kas nozīmē “slimība” un genein, kas nozīmē “ražot”. Tas attiecas uz aģentu vai mikroorganismu, kas spēj izraisīt slimības. Prioni ir patogēna aģenta piemērs. Ja tā ir mikroorganisma izplatības slimība, vaininieks var būt sēne, vienšūņi vai baktēriju patogēns. Vīrusus var iekļaut kā mikroorganismus, taču, tā kā pastāv strīdi par to, vai tie ir dzīvi, tos var iekļaut arī aģentu kategorijā.
Ne visas baktērijas ir patogēnas, bet tās, kas ir, var apdraudēt dzīvnieku, cilvēku un augu dzīvības. Baktēriju patogēnu piemēri ir Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus, Bacillus anthracis, Rickettsia, Listeria un Salmonella. Baktērijas patogenitāte ir tās spējas vai iespējamības izraisīt slimību mērs, ko kvantitatīvi mēra kā tās virulenci. Īpašos faktorus, kas nosaka baktēriju patogēnu virulenci, sauc par virulences faktoriem.
Virulences faktori ietver dažādas īpašības, kas veicina tā veiksmīgu nostiprināšanos savā saimniekorganismā vai uz tās un izraisa slimības. Baktēriju patogēniem var būt salīdzinoši maz vai daudz virulences faktoru. Faktori, kas var būt baktēriju patogēniem, ir toksīnu veidošanās, olbaltumvielu saturs, kas palīdz piestiprināties pie saimniekorganisma, un spēja aizsargāt savu virsmu.
Vēl viens veids, kā aplūkot baktēriju patogēnu efektivitāti, ir ņemt vērā to invazivitāti un toksikoģenēzi. Šajā gadījumā spēja ražot toksīnus, kas ietekmē audus gan tuvu, gan tālu no augšanas vai invāzijas punkta, tiek atdalīta no visiem faktoriem, kas ļauj baktērijām veiksmīgi iebrukt citā organismā.
Baktēriju patogēni sāk uzbrukumus saimniekam, veicot kolonizāciju, nostiprinoties saimnieka audos, parasti vietā, kas uztur kontaktu ar ārējo vidi. Ar cilvēka saimniekorganismu tas ietvertu konjunktīvu, gremošanas traktu, elpošanas ceļu un uroģenitālo traktu. Baktēriju patogēni izmanto adhezīnus, lai mijiedarbotos ar saimniekšūnu receptoriem.
Nākamo baktēriju patogēnu infekcijas posmu sauc par invāziju. Faktori, kas var palīdzēt iebrūkošajām baktērijām, ir vielas, ko sauc par invazīniem, kam ir divi mērķi: bojāt saimniekorganisma šūnas un veicināt baktēriju patogēna izplatīšanos.
Baktēriju patogēnu izraisītas infekcijas slimības var ārstēt ar vienu no trim dažādām pretmikrobu līdzekļu grupām. Dabiski sastopamo pretmikrobu līdzekļu grupu sauc par antibiotikām; ķīmiski sintezētu pretmikrobu līdzekļu grupu sauc par ķīmijterapijas līdzekļiem; un hibrīdi sākas ar dabā sastopamu vielu, kas ir modificēta. Dažus pirmās grupas pārstāvjus tagad var sintezēt.