Dzimumorgānu rekonstruktīvā ķirurģija parasti attiecas uz operāciju, lai labotu iedzimtus defektus vai anomālijas dzimumorgānu rajonā, ko izraisījusi trauma vai slimība. Šāda veida operāciju var saukt arī par starpdzimuma ķirurģiju, kas paredzēta, lai labotu defektus zīdaiņiem, kas dzimuši ar neskaidriem ārējiem dzimumorgāniem. Dzimuma maiņas ķirurģija ir cits dzimumorgānu rekonstruktīvās ķirurģijas veids, ko izvēlas transpersonas vai transseksuālas personas. Dzimumorgānu rekonstruktīvā ķirurģija var tikt meklēta kosmētisku iemeslu dēļ, savukārt citas operācijas var nodrošināt normālu seksuālo darbību.
Interseksuālo dzimumorgānu rekonstruktīvās operācijas var veikt zīdaiņiem, bērniem vai pieaugušajiem, kas dzimuši ar iedzimtiem defektiem. Sievietēm operācija var samazināt klitora izmēru, izveidot atveri menstruācijām un izņemt sēkliniekus. Operācijas mazuļiem var ārstēt nenolaidušos sēkliniekus un pavērt dzimumlocekļa ceļu urinēšanai. Šīs operācijas parasti ir vērstas uz to, lai dzimumorgāni izskatītos normāli bērnam, kurš dzimis ar dzimumorgāniem, kas neattīstās kā vīrieša vai sievietes.
Transseksuālu dzimumorgānu rekonstruktīvā ķirurģija var pārveidot dzimumorgānu izskatu no sievietes uz vīrieti. Dzimumlocekļa implanti un sēklinieku maisiņa izveidošana no audiem, kas ņemti no citām ķermeņa daļām, ir divas izplatītas procedūras. Sāls šķīduma vai gēla implanti, kas tiek ievietoti jaunajā sēkliniekos, parasti notiek sieviešu un vīriešu dzimumorgānu rekonstruktīvajā ķirurģijā. Šīs operācijas var ietvert dzimumlocekļa izveidošanu no audiem, kas ņemti no mutes vai maksts. Implantēta stieņa vai sūkņa ierīce var nodrošināt erekciju, ja mikroķirurģija veiksmīgi atjauno asinsvadus un nervus.
Dzimuma maiņas dzimumorgānu rekonstruktīvā ķirurģija vīriešiem var ietvert tādas dzimumlocekļa daļas izmantošanu, kurā ir nervu gali, lai izveidotu klitoru. Tas varētu ļaut transseksuālam vīrietim saglabāt sajūtu un spēju sasniegt orgasmu. Operācija var ietvert arī dzimumlocekļa vai sēklinieku maisiņa audu izmantošanu, lai izveidotu maksts. Ja šie audi nav piemēroti, daļu no resnās zarnas var izmantot maksts veidošanai. Pārstādītie audi var kalpot arī kā iekšējās un ārējās maksts lūpas.
Dzimumorgānu rekonstruktīvā ķirurģija var tikt meklēta arī tikai kosmētisku iemeslu dēļ. Daži vīrieši piedzimst ar urīna atveri dzimumlocekļa apakšpusē vai dzimumlocekļa izliekumu. Aptaukojušies vīrieši var pamanīt, ka viņu dzimumloceklis nav redzams, jo tos ieskauj tauki. Šo defektu novēršanas operācijas parasti veic plastikas ķirurgs.
Sieviete varētu vēlēties operāciju, lai pievilktu dzemdību izstiepto maksts. Citas rekonstruktīvās procedūras var samazināt kaunuma apvidu, operācija, ko sauc par labiaplastiku, ja tā izraisa neizskatīgu izspiedumu caur apģērbu. Lieko tauku daudzumu var noņemt arī ar tauku atsūkšanu.