Endēmiskā malārija ir malārija, kas dabiski un pastāvīgi atrodas reģionā, jo ir daudz slimības pārnēsātāju, nodrošinot, ka tā turpinās izplatīties caur sabiedrību. Valstis, kurās malārija ir endēmiska, galvenokārt atrodas tropos, un tās parasti ir jaunattīstības valstis ar ierobežotu sabiedrības veselības infrastruktūru cīņai pret šo slimību. Cīņa pret malāriju visā pasaulē ir ietvērusi endēmiskās malārijas apkarošanu ar mērķi izskaust to no šiem reģioniem, lai likvidētu dabiskos slimības rezervuārus.
Malārija kļūst endēmiska vairākos reģionos. Šim parazītam tā dzīves cikla ietvaros ir nepieciešami noteiktu sugu odi, un tāpēc tas nevar kļūt endēmisks reģionos, kur šīs sugas netiek atbalstītas. Tropi mēdz būt ļoti viesmīlīgi pret odiem, jo tiem ir siltums un pietiekami daudz stāvoša ūdens. Reģionos, kur odu kontrole ir ierobežota, var būt grūti novērst inficētu kukaiņu sakodienu cilvēku un infekcijas pārnešanu.
Ja cilvēku populācija izmanto malārijas profilaksi, šie kodumi nav problēma, jo parazīti nevar izdzīvot viņu ķermenī. Tomēr nekonsekventa vai neesoša profilakses līdzekļu izmantošana rada iespēju malārijas infekcijām iestāties, un inficētie pacienti turpinās parazīta dzīves ciklu, odi barojoties ar tiem un savācot inficētas asinis, tādējādi saglabājot slimību. Cilvēki arī ceļo, ceļā nesot līdzi parazītu un radot bezgalīgu daudzumu jaunu vektoru.
Centieni kontrolēt endēmisko malāriju ietver mēģinājumus ierobežot moskītu populācijas un kontaktus starp kukaiņiem un cilvēkiem, piemēram, izmantojot pesticīdus, pārbaudot mājas un gultas, lai novērstu kukaiņu iekļūšanu iekšā, un dozējot cilvēkiem savienojumus, kas izraisa odu neauglību, tādējādi novēršot kukaiņi no vaislas. Vēl viens pasākums šīs problēmas risināšanai ir malārijas profilakses un ārstēšanas nodrošināšana par pieņemamu cenu. Ceļotājiem uz reģioniem ar endēmisku malāriju parasti tiek ieteikts lietot profilaktiskas zāles, lai vīruss netiktu nēsāts līdzi mājās.
Valstīs, kur sabiedrības veselības infrastruktūra ir plankumaina un slikti atbalstīta, ar endēmisko malāriju ir grūti cīnīties. Var būt reģioni, kur vīruss tiek kontrolēts, bet citos tas var būt plaši izplatīts un ļoti izplatīts. Cilvēkiem ceļojot starp reģioniem, viņi nes sev līdzi parazītu, radot jaunus slimību uzliesmojumus. Konsekventai un pat malārijas kontroles politikai ir jāšķērso robežas, jo stingra programma vienā valstī neko nedod, ja blakus valstī ir ieviesta neefektīva malārijas kontroles programma.