Kas ir genoma pārlūks?

Genoma pārlūkprogramma ļauj lietotājam ritināt pa hromosomu un tuvināt noteiktas vietas. Daudzas genoma pārlūkprogrammas ļauj lietotājam tuvināt faktiskās DNS sekvences skatīšanas līmenī, lai gan pārlūkprogrammas patiesā lietderība ir iespēja apskatīt gēnus plašākā kontekstā, nevis skatīt DNS secību nukleotīdu līmenī. Vidējais gēna lielums ir 3,000 bāzes pāru, tāpēc, tuvinot bāzes pāra līmenī, lietotājs redzēs mazāk nekā visu gēnu. Lielākais cilvēka gēns, distrofīns, ir 2.4 miljonus bāzes pāru garš.

Papildus shematisku gēnu attēlojumu skatīšanai genoma pārlūkprogrammas var parādīt arī citu noderīgu informāciju. Tas var ietvert gēna daļu, kas tiek pārvērsta proteīnā, ko sauc par mRNS, un DNS sekvences, kurām ir citas funkcijas, nevis proteīna kodēšana. Genoma pārlūkprogramma var arī parādīt, kuri DNS segmenti tika izmantoti genoma sekvencēšanas procesā.

Lielam skaitam organismu ir sekvencēti genomi. Nav nevienas pārlūkprogrammas, kas būtu standarta genomikas jomā, tāpēc genoma pārlūkprogrammas var atšķirties atkarībā no sekvencētiem genomiem. Genoma pārlūkprogrammām ir funkcija, kas spēj meklēt interesējošos gēnus vai sekvences, ļaujot lietotājam pāriet no vienas genoma vietas uz citu. Nebūtu efektīvi ritināt pa hromosomu, lai nokļūtu interesējošā vietā, jo vairums hromosomu ir ļoti lieli.

Dažām genoma pārlūkprogrammām ir rīki, ko sauc par gēnu šķirotājiem. Šis rīks parāda tabulu ar gēniem, kas ir saistīti viens ar otru. Attiecības var būt viens no vairākiem veidiem: sekvences homoloģija, līdzīgs ekspresijas profils vai genoma tuvums. Lietotājs meklē gēnu, izmantojot vārdu vai frāzi, izvēlas attiecību veidu, kādu viņš vēlas, un gēnu šķirotājs parāda meklēšanas rezultātus.