Genoma anotācija iezīmē genoma sadaļas ar informāciju par tajā esošajiem ģenētiskajiem datiem. Šī ir daļa no procesa genoma projektos, kur mērķis ir ne tikai secināt mērķa organisma DNS, bet arī saprast, ko tas dara un kā tas darbojas. Pētnieki var veikt anotācijas savās laboratorijās un var koplietot datus ar citiem zinātniekiem, lai apvienotu resursus un informāciju. Ir pieejamas sabiedrībai atvērtas tiešsaistes datubāzes, un dažas arī ļauj plašai sabiedrībai iesniegt savas anotācijas.
Pirmais solis genoma anotācijā ir sekvencēšana, kurā pētnieki nosaka aminoskābju secību organisma DNS. Visa genoma sekvencēšana prasa ilgu laiku, un ir ierasts, ka zinātnieki sāk anotēt, pirms genoms ir dekodēts. Kad rokā ir sekvencētas DNS sadaļa, pētnieks var sākt anotēt. Zinātnieki var atzīmēt, kur gēni, šķiet, sākas un beidzas, pievēršot uzmanību atšķirīgajām DNS virknēm, kas satur informāciju par genoma darbību.
Datori spēj paši veikt kādu genoma anotāciju. Viņi var meklēt zināmus modeļus, piemēram, aminoskābju virknes, kas parādās gēnu sākumā un beigās. Automātiskajā anotācijā dators var pievienot piezīmes dažādām DNS virknes sadaļām, lai sniegtu informāciju par to. Ir arī iespējams salīdzināt dažādu organismu segmentus, lai meklētu dispersiju, kas varētu sniegt svarīgu informāciju par sugu kopumā.
Manuālā genoma anotācija ietver DNS fizisku pārskatīšanu. Daudzi pētnieki izmanto datorus, lai parādītu informāciju un marķētu to, ļaujot viņiem to ievadīt datu bāzēs darba laikā. Dažos gadījumos pēc automātiskās anotācijas var būt nepieciešama manuāla pārskatīšana, lai pārliecinātos, ka dators ir saņēmis pareizu informāciju. Tas var būt rūpīgs process, un kļūdas var rasties, un tas ir viens no iemesliem, kāpēc pētniekiem patīk apvienot datu bāzes. Ja anotācija neatbilst citām anotācijām tajā pašā DNS sadaļā, cilvēki var novērtēt informāciju, lai noteiktu notikušo un labotu kļūdu.
Ne vienmēr ir iespējams noteikt, ko gēns dara genoma anotācijas procesā. Zinātnieki var atzīmēt gēnus un atdalīt tos no citām genoma sastāvdaļām, piemēram, nekodējošām DNS, piemēram, atkārtojumiem. Šo informāciju var izmantot pētījumos, jo cilvēki izstrādā teorijas par dažādiem genoma segmentiem. Viņi var pievienot anotācijas, lai atzīmētu gēna funkciju.