Šķiet, ka pulkstenis valda cilvēku dzīvēs, diktējot viņu ikdienas ritmus. Viņi ceļas noteiktā laikā, ēd ar regulāriem starplaikiem un katru vakaru viņiem var būt noteikts gulētiešanas laiks. Pat mūsu ķermeņi dažādos diennakts laikos darbojas atšķirīgi, piemēram, miega laikā pieaug hormonu līmenis, un asinsspiediens svārstās atkarībā no diennakts laika. Hronoterapija darbojas pēc principa, ka dzīvošana pēc pulksteņa ir paredzēta ne tikai ikdienas aktivitātēm, bet arī var dot labumu noteiktām veselības problēmām, piemēram, astmai un vēzim. Dažām zālēm var noteikt lielāku efektivitāti, un dažas garīgās veselības problēmas arī lielā mērā ietekmē laiks. Dažiem cilvēkiem, kuri cieš no bipolāriem traucējumiem, piemēram, ir palīdzējusi hronoterapija, kas atiestata viņu ķermeņa dabiskos ritmus vai ķermeņa pulksteņus.
Hronoterapijas pamatā ir vairāki pārbaudīti principi, tostarp paša ķermeņa diennakts ritms. Cilvēka temperatūra dienas laikā svārstās paredzami, un sievietes temperatūra paaugstinās ovulācijas laikā. Speciālisti, kas pēta sportisko sniegumu, ir atzīmējuši, ka muskuļu spēks ir lielāks pēcpusdienā nekā no rīta. Pat savienojumi, kas atrodami cilvēka mātes pienā, dažādos dienas laikos atšķiras. Vīriešus ietekmē hormona testosterons, kas viņu organismā atrodams no rītiem, un līmenis pazeminās vēlāk.
Hronoterapija ir ķermeņa dabisko ritmu saskaņošana ar pacientam nepieciešamo ārstēšanu neatkarīgi no tā, vai tas attiecas uz psihiskiem stāvokļiem, augstu asinsspiedienu, endokrīno sistēmu vai citām medicīniskām problēmām. Hronoterapija var ietekmēt arī pacienta saņemto zāļu daudzumu. Ja ķermeņa pulkstenis ir optimizēts, dažkārt tiek pieprasīta mazāka noteikta veida zāļu deva. Dažiem ārstiem patīk hronoterapijas sniegtās priekšrocības, jo viņi ir redzējuši, ka pacienti labāk ievēro medikamentu lietošanas grafiku, kad zāles darbojas labāk, un dažreiz ir arī papildu ieguvums, jo mazāk neērtu blakusparādību.
Hronoterapijas loma visizteiktākā ir medikamentozās terapijas jomā, ārstiem izrakstot medikamentus, ņemot vērā ne tikai slimību vai stāvokli, bet arī diennakts laiku. Dažu zāļu formulējumi ir mainīti, lai labāk paātrinātu to aktīvo sastāvdaļu izdalīšanos, un tos sauc par hronoterapeitiskiem līdzekļiem. Dažas zāles, ko izmanto vēža apkarošanai ar ķīmijterapijas palīdzību, noteiktos diennakts laikos ir efektīvākas, un to toksicitāte ir samazināta.