Naturopātiskā pārbaude parasti ietver ķermeņa funkciju analīzi, izmantojot netradicionālās medicīnas metodes. Dažkārt tiek ņemti asins paraugi naturopātiskiem izmeklējumiem, bet var veikt arī sirds funkcijas analīzi. Datorizētus instrumentus var izmantot, lai analizētu nervu sistēmas enerģiju, izmantojot akupunktūras punktus, savukārt citas analīzes var palīdzēt noteikt pārtikas nepanesamību, imūnsistēmas problēmas un toksīnus, kas saistīti ar konkrētiem orgāniem. Gremošanas funkcija bieži ir daļa no naturopātiskām pārbaudēm, tāpat kā ķermeņa tauku, ūdens un kaulu sastāva analīze.
Daudzas reizes pārbaudes un paraugu analīzes tiek veiktas uz vietas, izmantojot naturopātiskos testus. Ja nepieciešams, speciālists var arī nosūtīt paraugus uz laboratoriju. Šāda veida medicīniskās pārbaudes parasti koncentrējas uz ķermeņa enerģiju, tostarp uz to, kā tiek uzskatīts, ka tā ir saistīta ar sistēmisko līdzsvaru un dažādu orgānu veselību. Testēšanai bieži ir nepieciešami pacienta asins paraugi. Dažreiz to dara, izvelkot asinis no pirksta; Bieži tiek veikta mikroskopiskā analīze, lai konstatētu vitamīnu un minerālvielu trūkumus, kā arī dažādu vielu toksisko līmeni.
Asins darbs var arī atklāt augstu tauku līmeni un deficītu aknās. Tests, ko sauc par digitālo impulsu viļņu analīzi, parasti spēj izmērīt artēriju stāvokli, kā arī noteikt to bioloģisko vecumu; ar šo testu var novērtēt arī saistīto slimību riskus. Naturopātiskā pārbaude var ne tikai detalizēti uzraudzīt sirds darbību, bet arī autonomās nervu sistēmas darbību, kā arī neiroloģiskās sistēmas, kas saistītas ar stresu un atpūtas stāvokļiem. Arī naturopātiskajā medicīnā bieži vien šādi mēra bioloģiskos regulējošos procesus.
Citas procedūras, kas saistītas ar naturopātisko testēšanu, var ietvert ķermeņa bioķīmijas analīzi. Urīns, siekalas un asinis bieži tiek pārbaudīti, lai noteiktu fermentus un molekulas, kā arī aminoskābes, kas nepieciešamas normālai darbībai. Imunitāte un metālu toksicitāte dažkārt tiek analizēta ar šādām metodēm, lai atrastu potenciāli kaitīgu elementu pārpalikumu. Elektrodermālā pārbaude parasti ietver rādījumu ņemšanu no akupunktūras punktiem, kas, pēc naturopātisko ārstu domām, raksturo iekšējo orgānu darbību.
Toksīnus un minerālvielas var atrast arī pārbaudot matus, jo daudzas no šīm vielām ir koncentrētas tajos. Pētījumi naturopātiskajā medicīnā ir atklājuši, ka noteiktas acu, imūnsistēmas un aknu, kā arī sāpju ārstēšanas metodes bieži vien ir efektīvas dažādām vecuma grupām. Bieži tiek veikta dažādu ķermeņa funkciju pārbaude, un naturopātiju kā veselības aprūpes veidu turpina pētīt dažādas pētniecības grupas, kas saistītas ar lieliem institūtiem un universitātēm.