Infekciju izraisa svešu šūnu, piemēram, cilvēku baktēriju, invāzija, kas kaitē saimniekorganismam. Parasti saimniekorganismu uzskata par “kolonizētu” šūnām, kas tam nepieder. Šīm svešajām šūnām ir jābūt kaitīgām saimniekorganismam, lai kolonizāciju varētu uzskatīt par infekciju.
Ir daudzi dzīvu radījumu gadījumi, kas gūst labumu no citu šūnu kolonizācijas. Diviem atsevišķiem organismiem var būt simbiotiskas attiecības vienam ar otru, kas nekaitē nevienam organismam. Alternatīvi, šūnu (vai parazītu) kolonija var neietekmēt saimniekorganismu, bet var dot labumu kolonijai. Piemēram, stafilokoku un streptokoku baktērijas parasti atrodas uz cilvēku ādas un uz lielākās daļas zīdītāju. Ja vien baktērijas nesaslimst cilvēku vai dzīvnieku, tā nav infekcija.
Ir daudz dažādu veidu infekcijas izraisītāju. Ne tikai baktērijas, bet arī vīrusi, parazīti un sēnītes var radīt problēmas saimniekorganismam. Dažreiz šīs šūnas, kas nav saimniekšūnas, faktiski darbojas kopā, lai novērstu infekciju. Piemēram, ja jums ir STREP kakls, jums bieži tiek ievadītas antibiotikas. Tas ir lieliski piemērots streptokoku šūnu iznīcināšanai. Problēma ir tāda, ka cilvēku ķermenī ir arī noteikts daudzums sēnīšu šūnu, ko sauc par raugiem.
Ja parastās ādas baktērijas un raugs atrodas kopā, tie parasti nerada problēmas cilvēkiem. Viņi cīnās savā starpā, nevis cīnās ar cilvēka ķermeni, tāpēc katras kolonijas līmeņi paliek līdzsvaroti. Ja maisījumā tiek ievadītas antibiotikas, jūs varat nogalināt ne tikai infekciozās baktērijas, bet arī labās baktērijas, kas kontrolē rauga līmeni. Tas var izraisīt sēnīšu vai rauga infekciju, jo ir traucēts koloniju līdzsvars. Antibiotikas var izraisīt arī kuņģa darbības traucējumus vai caureju, jo labvēlīgās baktērijas dzīvo arī zarnu traktā, un tās var iznīcināt.
Citas infekcijas rodas, kad pēkšņi tiek ieviesta sveša kolonija. Cilvēki, kuri ceļo uz valstīm, kur dzeramajā ūdenī ir augsts parazītu līmenis, var ievest savā organismā specifiskus parazītus. Ceļotāju caureju mēdz izraisīt parazītu vai baktēriju izraisītāju uzņemšana organismā. Alternatīvi parazitārie aģenti, piemēram, lenteņi, var pakāpeniski kaitēt cilvēkiem, augot ķermeņa iekšienē. To varētu uzskatīt par parazitāru infekciju.
Reizēm citu organismu sākotnējā kolonizācija saimniekam nodara nelielu kaitējumu. Lenteņi cilvēkiem var dzīvot gadiem ilgi, un cilvēkam nav nekādu simptomu. Tomēr galu galā lenteņi nodarīs kaitējumu, tāpēc, kad tie tiek atklāti, cilvēki parasti lieto īpašas zāles, kas iznīcina tārpus, lai lenteņi tiktu iznīcināti.
Vairumā gadījumu galvenais, lai izprastu infekciju, ir jēdziens “kaitējums saimniekam”. Neatkarīgi no tā, vai šo kaitējumu pašlaik izraisa kolonija vai iespējamais kolonizācijas cēlonis, infekcijām bieži nepieciešama medicīniska palīdzība. Vienīgais izņēmums ir situācijās, kad cilvēkus kolonizē pārejošas vīrusu kolonijas. Parasti veseliem cilvēkiem organisms cīnās ar infekciju, piemēram, saaukstēšanos, un bieži vien ir veiksmīgi. Ar dažiem vīrusiem, piemēram, HIV, organisms necīnās sekmīgi, un tiem ir vajadzīgas lielas pretvīrusu zāļu devas, lai novērstu vai aizkavētu vīrusa izraisītu būtisku kaitējumu. Daži vīrusi joprojām ir izturīgi pret ārstēšanu, piemēram, Rietumnīlas vīruss un Ebolas vīruss.