Patogēnās baktērijas ir baktērijas, kas spēj izraisīt slimības. Cilvēkus parasti visvairāk interesē baktēriju sugas, kas var izraisīt cilvēku slimības, lai gan šīs baktērijas var inficēt arī citus dzīvniekus un augus. Dažas ievērojamas patogēnās baktērijas ir Streptococcus, Staphylococcus, Tuberculosis un Escherichia coli, kā arī daudzas citas. Visā pasaulē šīs baktērijas izraisa daudzas slimības un slimību epidēmijas.
Intracelulārās baktērijas ir patogēnas baktērijas, kas, nonākot cilvēka ķermenī, vienmēr izraisa slimības, atšķirībā no nosacītajām baktērijām, kas noteiktos apstākļos var izraisīt infekcijas un slimības. Daudzas baktērijas ir nosacītas, izmantojot nejaušību, piemēram, atvērtu brūci, lai dublētos un izplatītu slimības. Oportūnistiskās baktērijas ir baktērijas, kas parasti neizraisa slimības, bet izraisīs, ja pacientam ir traucēta imūnsistēma.
Daudzi cilvēki faktiski jebkurā laikā uzņem lielu skaitu baktēriju. Šīs baktērijas ir pazīstamas kā komensālās jeb “labās” baktērijas, jo tās cilvēka organismā veic dažas svarīgas un noderīgas funkcijas. Piemēram, komensālās baktērijas zarnās palīdz sadalīt un sagremot pārtiku.
Patogēnās baktērijas var izplatīties pa cilvēku populāciju dažādos veidos. Gaiss, ūdens un augsne ir izplatīti slimības pārnēsātāji, un cilvēki var arī nodot baktērijas tieši viens otram fiziska kontakta ceļā. Dažas baktērijas ļoti labi spēj kolonizēt vietas, piemēram, durvju rokturus un medicīnisko aprīkojumu, ļaujot tām viegli pārvietoties no cilvēka uz cilvēku, savukārt citas ir daudz mazāk virulentas un izmirs, ja tās pārāk ilgi atrodas prom no cilvēka.
Tuberkuloze ir viena no pasaulē vadošajām slepkavībām, tādēļ tā ir īpaši interesanta patogēna baktērija. Patogēnās baktērijas ir atbildīgas arī par zarnu problēmām, piemēram, hronisku caureju, un tās var izraisīt infekcijas daudzās ķermeņa daļās. Dažas no tām ir nāvējošas, piemēram, Legionella baktērija, savukārt citas ir salīdzinoši labdabīgas, īpaši, ja var piekļūt ārstēšanai. Viena no lielākajām problēmām jaunattīstības valstīs ir ārstējamu bakteriālu infekciju izplatība, kas nekontrolēti izplatās visās populācijās, jo nav pieejami medikamenti un medicīniskā aprūpe.
Patogēnas baktērijas izraisītas infekcijas ārstēšana ietver antibiotiku lietošanu — zāles, kas ir īpaši izstrādātas baktēriju iznīcināšanai. Dažām baktērijām ir izveidojusies rezistence pret antibiotikām, kas nozīmē, ka tās var nereaģēt uz daudzām parastajām antibiotikām. Tas liek zāļu uzņēmumiem pētīt jaunas antibiotikas, lai tās varētu apsteigt baktēriju mutācijas.